対象疾患は鳥インフルエンザ（鳥疫）、S. pullorum（pullorum disease）、S. S. pullorumが作り出す疾患（pullorum disease）です。 gallinarum（家禽チフス）、S. enterica var. enteritidis、Mycoplasma gallisepticum（MG、慢性呼吸器疾患、七面鳥の感染性副鼻腔炎）、M. synoviae（MS、感染性滑膜炎）、M. meleagridis（MM、日齢空気嚢炎）である。 また、NPIPには「U.S. Salmonella Monitored」や「U.S. Sanitation Monitored」といったプログラムがあり、育成農場および孵化場での効果的かつ実用的な衛生手順により、孵化卵、ヒナ、仔鶏のサルモネラ菌発生率を低減させることを目的としています。

NPIPにおける家禽とは、主に卵と肉を生産するために飼育された鶏、七面鳥、ダチョウ、エミュー、レア、ヒクイドリ、水鳥、狩猟鳥（ハトとハトは除く）などの家禽類と定義されています。 NPIPには、独立した農場、孵化場、ディーラーの3種類の参加者がいます。 NPIPが認証する鶏肉は、ふ化卵、ヒナ、仔鳩、始原仔鳩です。 米国の大半の州では、プルオルム-チフス菌のない家禽類以外の出荷を禁止しています。 基本的に、このような禁止措置は、州間を移動する家禽が NPIP の「U.S. Pullorum-Typhoid Clean」プログラムに参加するか、または自国を離れる前にプルロルムチフス検査で陰性であることを意味します。 15 の州では、出荷される七面鳥のすべてが MG clean であることを要求しています。

米国から鶏肉や製品を輸入している米国のほとんどの貿易相手国も、NPIPへの参加を要求しています。 認定された獣医師は、NPIPに参加する繁殖鶏の群れが基準を遵守しているかどうかを検査し、健康証明書を発行するよう要請されることがあります。 APHISは毎年春に、卵型および肉型の鶏と七面鳥を扱う参加者の名簿と、水鳥、展示用家禽、狩猟鳥、ラタイトを扱う参加者の名簿を発行しています。 これらの名簿には、NPIPに参加している孵化場、独立した群れ、販売業者、取り扱う製品、参加する疾病分類が記載されています。