Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, formerly Not Another Molecular Dynamics Program) は分子動力学シミュレーションのためのコンピュータソフトウェアで、Charm++並列プログラミングモデルで書かれている。 並列処理に優れていることが特徴で、大規模な系(数百万個の原子)のシミュレーションによく利用される。
University of Illinois at Urbana-Champaign.Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB) and the Parallel Programming Laboratory (PPL) collaboration by the collaboration of the University of Illinois at U.V.-Champaign: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995; 26 years ago
C++
Cross-platform.XXXX Windows、Linux、macOS、Unix
x86, x86-64
English
Molecular dynamics simulation
Proprietary, freeware for noncommercial use
Ww.Netscape
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Molecular dynamics simulation
Lensing
1995年にNelsonらによって、可視化コードVMDとリンクして対話的にシミュレーションできる並列分子動力学コードとして発表されました。 NAMDはそれ以来成熟し、多くの機能を追加し、50万プロセッサコアを超える規模になりました。
NAMDは量子化学パッケージのORCAとMOPACへのインターフェース、および他の多くの量子パッケージへのスクリプトインターフェースも備えています。 Visual Molecular Dynamics (VMD) および QwikMD とともに、NAMD のインターフェースは、統合され、包括的で、カスタマイズ可能で、使いやすいスイートにおける QM/MM ハイブリッドシミュレーションへのアクセスを提供するものです。