HMS LINCSセンターについて

ハーバードメディカルスクール（HMS）LINCSセンターはNIH助成金U54 HL127365により、NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS) Programに所属しています。 このプログラムの全体的な目標は、薬物、環境、突然変異による摂動に対してヒト細胞がどのように反応するかを理解するために必要なデータと分析ツールを収集し、普及させることです。 LINCSと他の参加センターについての詳細は、プログラムのウェブサイトをご覧ください。

HMS LINCSセンターは、用量と反応の関係、細胞間変動の起源と意義、薬剤感受性と耐性の分子基盤を含む摂動に対する細胞反応の基本原則の発見を目指しています。 HMSで作成されたデータには、マルチプレックス生化学、プロテオミクス、イメージングアッセイが含まれますが、これらの普及基準は十分に開発されていません。これらを改善し、ノートブックや論文からすべてのデータ、アルゴリズム、結論を解放することがセンターの重要な目標です。 また、複雑な摂動応答データセットの大規模解析のための新しいアルゴリズムも開発しており、これらはカスタマイズされたプロジェクトのサマリーページを通じて入手することができます。 通常、各データセットについて少なくとも1つの生物学的解析を発表しているが、これらの論文はデータの多くの利用法のうちの1つを記述するに過ぎない。

Assays

(i) がん、自己免疫疾患、その他の疾患の治療薬の主要なクラスである低分子キナーゼ阻害剤、 (ii) ブロモドメインやHDAC阻害剤などのエピゲノム修飾因子、 (iii) 成長因子や炎症性サイトカインなどの天然由来のリガンドに関する生化学およびセルベースアッセイに重点を置いています。 全体として、我々は用量と時間にわたって400の摂動に対する100の細胞株と初代細胞タイプの反応をプロファイリングしている。

データ、アルゴリズム、ツールへのアクセス

HMS LINCSではNIH LINCSプログラムのデータ公開ポリシーに基づき、すべての関連データとソフトウェアにタイムリーにアクセスすることができる。 単純なダウンロードとプログラムによるアクセスの両方がサポートされている。

データ探索とユースケース。 HMS LINCS出版物の要約および探索ページでは、主要な発見についての説明、HMS LINCSデータベース内の関連データセットへのリンク、およびカスタムデータ可視化ツールを提供しています。 これらおよび他のツールは、ソフトウェアページを通じて入手可能です。 すべての一般公開されたHMS LINCSデータセットおよび試薬のメタデータは、検索機能により特定のデータセットおよび試薬（例：細胞タイプまたは摂動原による）を照会できるHMS LINCSデータベースからアクセス可能である。 これらの検索・ダウンロード機能は積極的に改善されており、ユーザーの皆様には lincs-feedback hms.harvard.edu.

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