単細胞の鞭毛虫またはアメーバ状の生物。 ほとんどの種はファゴトロフィック（またはオスモトロフィック）であるが，ユーグレナ藻の一部（例：ユーグレナ）は緑色植物との二次共生により緑色葉緑体を用いて光合成を行う。 ミトコンドリアが減少している種もあり、堆積物や動物の腸内など嫌気的な環境で生活している。 また、トリパノソーマ（ユーグレノゾア）、ジアルジア（トレポモナデア）、トリコモナス（パラバサリア）など、ヒトに感染して被害を与える掘削生物もいる。

掘削生物は基本的に2〜4本の鞭毛を持ち、腹部の溝は複合微管状根に支えられている。 腹溝は細胞質として機能する。 しかし、ユウグレノゾア、パラバサリア、オキシモナスなど、この基本形から変形したものもある（例えば、溝を失ったもの）。 また、ほとんどの種がアメーバ状の植生細胞を持っている。 ミトコンドリア・クリストエは通常円盤状であるが、平板状や管状を持つ種もある。 三毛別科やアネロモナドではミトコンドリアがミトソームやヒドロゲノソームに変化してミトコンドリアゲノムやクリステーを失い、好気呼吸の能力も失っている。 アクラシス（Percolozoa）は子実体や胞子を形成する（そのため、この生物は以前は細胞性粘菌に分類されていた）。 発掘物の有性生殖に関する報告は少ないが、オキシモナズではユニークな有性生殖が報告されている。

超微細構造上の特徴からエクスカバータを提案した。 一部のクレード（Trichozoa, Discicristata + Loukozoa, Anaeromonadaなど）の単系統性は分子系統学的に支持されているが，発掘物全体の単系統性については未確定である。