以下の疾患はマフッチ症候群に似ていることがあるが、通常は臨床検査で区別できる。

オリエ病
マフッチ症候群の特徴である皮膚血管病変がなく、骨形成異常と内軟骨腫が特徴の珍しい骨格障害である。 オリエ病は出生時に存在するが、小児期に骨格の変形や四肢の異常な成長により初めて明らかになることがある。 オリエ病は主に腕と脚の長骨と関節の軟骨、特に長骨の軸と頭が接する部分（骨幹）に影響を及ぼします。 骨盤が侵されることも多く、まれに肋骨、胸骨、頭蓋が侵されることもあります。 この病気は、長骨の軟骨から軟骨腫が発生し、外側の層（皮質骨）が薄くもろくなります。 思春期以降、軟骨が骨に置き換わり、軟骨の増殖は安定します。 これらの軟骨腫は悪性化することがあるが、Maffucci症候群に比べるとはるかに頻度は低い。多くの患者で、イソクエン酸脱水素酵素遺伝子、IDH1またはIDH2に体細胞突然変異が認められる。 この疾患は遺伝しない。 (この疾患の詳細については、希少疾病データベースで検索語として「Ollier」を選択してください）

青色ゴム斑母斑症候群
Maffucci症候群の青い血管病変は、このまれな血管疾患と間違われることがあり、複数の、柔らかい、上昇した、青、青黒または紫赤の腫れ（静脈奇形）を特徴とします。 病変は皮膚や内臓、特に消化管に生じます。 一般的には手や足の裏に生じますが、顔や体幹、肝臓、肺、脾臓、胆嚢、腎臓、骨格筋など、体のどこにでも生じる可能性があります。 これらの内部病変は、重篤な合併症を引き起こす可能性があります。 消化管からの出血は、通常、輸血を必要とする慢性貧血を引き起こします。 原因は、TIE 2（TEK）という遺伝子の体細胞変異であることが知られています（この疾患の詳細については、希少疾病データベースで検索語として「青色ゴム斑母斑」を選択してください）

プロテウス症候群
この極めて稀な疾患は、Maffucci症候群と混同されることがあります。 大脳結合組織母斑（モカシン足）、表皮母斑、脂肪腫および不均衡で執拗、かつ非対称な骨格の過成長が特徴である。 Proteusの患者は、母斑を除き、出生時は基本的に正常である。 また、毛細血管の奇形や静脈の奇形があることもある。 静脈が肥大しているため、肺血栓塞栓症の危険性があり、致命的となることもある。 原因は、AKT1という遺伝子の体細胞活性化変異で、初期胚の時期に細胞内で発生する。 遺伝性はありません。 (

最初にプロテウス症候群と診断された患者の一部は、PIK3CA遺伝子の変異による別の過成長症CLOVESを有しています。 (この疾患の詳細については、希少疾病データベースで検索語として「CLOVES」を選択してください）

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