16世紀後半になると、足利幕府を操る大名や幕府を倒そうとする大名が出現するようになる。 1560年、今川義元が幕府を倒そうとしたが、桶狭間の戦いで織田信長の手にかかり、無念の最期を遂げた。 1562年、信長領の東に隣接していた徳川氏が今川氏から独立し、信長と同盟を結んだ。 この同盟により、信長の領地の東側は侵攻されなかった。 信長はその後、軍を西に移動させた。 1565年、松永氏と三好氏の連合軍が、第13代足利将軍の足利義輝を暗殺し、クーデターを起こそうとした。 しかし、このクーデターが失敗に終わったため、義輝の従兄弟である足利義秀を次期将軍とし、1568年（永禄11年）になってようやく正当性を主張することができた。 しかし、京都に入ることができず、朝廷の承認を得ることができなかったため、後継者に疑問が生じ、細川藤孝を中心とする幕臣たちが信長と交渉し、義輝の弟である義昭を支持するようになった。

近江国北部の安西氏と同盟を結び、隣接する美濃国を征服するなど、長年にわたってこの機会に備えてきた信長は、今度は京都に向けて進軍します。 信長は、近江国南部の六角氏を撃退した後、松永氏を降伏させ、三好氏を摂津に撤退させた。 しかし、信長は室町幕府に仕えるつもりはなく、今度は畿内の支配を強化することに目を向けました。 しかし、信長は室町幕府に仕えるつもりはなく、畿内を支配することに専念した。敵対する大名や僧侶、敵対する商人などを迅速かつ無慈悲に排除し、信長は冷酷で容赦ない敵として評判になった。 政治的・軍事的な動きを支えるために、彼は経済改革を行い、神社やギルドによる従来の独占を無効にして商業の障壁を取り除き、楽市楽座と呼ばれる自由市場を制定して自発性を促進させました。

新たに就任した正統な家臣、足利義昭も強力な名目上の信長に対して非常に警戒し、すぐに織田領域に隣接するほぼすべての大名で幅広い同盟を形成して信長に対する策謀に着手しました。 この同盟には、織田信長の盟友であり義兄弟である安西長政、武田信玄、そして京都の比叡山にある天台宗の僧兵（信長によって完全に破壊され、この戦争の最初の大きな犠牲者となった）などが含まれていた。

織田軍がいたるところで戦闘に巻き込まれる中、武田信玄は当時日本で最も強力とされていた軍を率いて織田の本拠地である尾張に向かって進軍し、信長の若き同盟者であり将来の主君となる徳川家康を三方ヶ原の戦いで簡単に粉砕しています。

しかし、武田軍が織田・徳川連合を消滅させる寸前に、武田信玄は突然、謎の死を遂げます。 (死因は、戦場での射殺、忍者による暗殺、胃ガンなど、さまざまな説がある）。 武田信玄の死によって、足利義昭の作った「反織田同盟」は一気に崩れ、信長は北辺を脅かす朝倉氏・安西氏の同盟を次々と破壊し、やがて信長自身も京都から追放されました。

信玄の死後も、信長に対抗できる有力な大名は残っていましたが、政治的に脅威となるような大名は京都におらず、織田信長への統一は時間の問題と思われました。 信長が10年間、城を攻め続けても、彼は耐え忍んだ。 11年、信長は顕如を追放したが、顕如の起こした騒動で信長の領土に大きな被害が出た。 この長い戦いは石山本願寺戦争と呼ばれた。

信長は外国文化、特に西ヨーロッパの文化に強い関心を持った。 ヨーロッパからの宣教師によって、かなりの西洋キリスト教文化が日本に伝わった。 その結果、日本は新しい食物、新しい描画法、天文学、地理学、医学、そして新しい印刷術を得たのである。

信長は、仏教の修道院の力を弱め、キリスト教の保護を与えることにしましたが、彼自身がキリスト教に改宗することはありませんでした。

日本でのヨーロッパの商人やカトリックの宣教師（Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino and many missionaries）の活動や、日本の海外進出は、この時代に国際的な雰囲気を与えています。

1576年から1579年にかけて、信長は琵琶湖畔の安土に七層の壮大な安土城を築きました。これは単に難攻不落の軍事要塞としてだけではなく、統一のシンボルとなる豪華な居城として機能することを目的としていました。 柴田勝家には越中の上杉氏征伐、滝川一益には武田勝頼の子が治める信濃国、羽柴秀吉には本州西部の中国地方の毛利氏という難題が与えられた。

1575年、信長は長篠の戦いで武田氏に大勝利を収めた。 武田騎馬隊の評判は高かったが、織田信長は比較的新しい技術であるアークバスを採用し、大敗を喫することになった。 この戦いの遺産は、日本の伝統的な戦争の完全な見直しを余儀なくされた。

1582年、長引く作戦の後、秀吉は粘り強い抵抗を克服するために信長の助けを要請した。 信長は、わずかな兵力で西へ向かう途中、京都に立ち寄りましたが、不穏な動きを見せる武将の一人、明智光秀に襲われ、自害してしまいました

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