1931年、米国公衆衛生局は国立衛生研究所に歯科衛生学ユニットを設立した。 最初の歯科研究員として指名されたH. Trendley Dean博士は、斑状エナメル質として知られる口腔疾患の影響を受ける地域社会を研究しました。 ミシガン州グランドラピッズでの水道水フロリデーション試験の実施後、1948年6月24日にハリー・S・トルーマン大統領によって国立歯科研究所 (NIDR) が設立された。 1958年、ドワイト・アイゼンハワー大統領により、NIDRを拡大するため、研究所の建物建設に資金を提供する計画が承認された。 また、国立歯科医学研究所は、さまざまなタンパク質の構造と機能に関する研究を進めるため、生化学研究所を設立した。 このような拡大を続ける中、1967年には、各大学にいくつかの歯科研究施設を整備するための助成金が承認された。 生化学研究所のほかにも、1974年、1975年には他の研究室が設立され、研究・研修環境の整備や口腔疾患に対する学際的な取り組みが行われた。 生化学研究室に加え、1974年から1975年にかけて、口腔医学、微生物学、免疫学に焦点を当てた研究室が新設された。 その10年後、さらに研究を発展させるための取り組みが行われた。 歯科医師科学者賞プログラムは、歯科医師に口腔衛生に関する独自の研究を行う機会とインセンティブを提供することを目的としている

1986年、NIDRによってアメリカの成人の歯の健康に関する最も大規模な調査が完了した。 この調査は、大規模かつ詳細に口腔衛生疾患を調査した最初のものであった。 この調査を受けて、1993年にNational Oral Health Information Clearinghouseが設立されました。 このデータベースの目的は、医療従事者、患者、および一般市民に口腔衛生に関するリソースを提供することです。

NIDRは、設立50周年を機に、その名称をNational Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR) に改めました。

2001年に、NIDCRは米国内の口腔衛生格差をなくすために刷新された計画を発表しました。

その10年後、マーサ・J・ソマーマン氏がNIDCRの8代目所長に任命されました。 NIDCRは、基礎研究と研究者の育成を通じて、健康増進、病気や症状の予防、新しい診断法や治療法の開発を目指している

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