生化学において、代謝物は代謝の中間体または最終生成物であり、代謝物という用語は通常、低分子に使用されます。 代謝物は、燃料、構造、シグナル伝達、酵素に対する刺激・抑制効果、それ自体の触媒活性（通常は酵素の補因子として）、防御、他の生物との相互作用など、様々な機能を持つ（e.また、「代謝産物」は、正常な「成長」「発達」「生殖」に直接関与しています。 エチレンは、産業微生物学で大規模に生産される一次代謝産物の例です。

二次代謝産物は、これらのプロセスに直接関与していませんが、通常は重要な生態学的機能を有しています。 例えば、抗生物質や、樹脂やテルペンなどの色素が挙げられる。

一部の抗生物質は、一次代謝産物であるトリプトファンから作られるアクチノマイシンなどのように、前駆体として一次代謝産物を使用する。 糖類の中には、フルクトースやグルコースのように代謝産物として存在するものもあります。

産業微生物学によって生産される一次代謝産物の例としては、以下のようなものがある。

メタボロームは代謝反応の大きなネットワークになっており、ある酵素による化学反応から出力が他の化学反応の入力になるようになっています。

固有のものであれ医薬品であれ、化学化合物からの代謝産物は、化合物を分解して排除する自然な生化学プロセスの一部として形成されます。化合物の分解速度は、その作用の持続時間と強度を決定する重要な要因です。 医薬品がどのように代謝され、その代謝物がどのような副作用をもたらすかを理解することは、創薬の重要な要素である

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