1089年、オーストリア侯爵レオポルト2世がランバッハ修道院のベネディクト派修道士に自分の城の一つを与えて創設された修道院。 12世紀には修道院の学校、Stiftsgymnasium Melkが設立され、修道院の図書館はすぐにその広範な写本コレクションで有名になりました。 また、修道院の写字室は、写本制作の主要な場でもあった。 15世紀には、オーストリアと南ドイツの修道院生活を活性化させたメルク改革運動の中心となった。

今日のバロック様式の修道院は、1702年から1736年の間に、Jakob Prandtauerの設計により建設されたものである。 特に注目すべきは、ヨハン・ミヒャエル・ロットマイヤーのフレスコ画がある修道院教会と、有名な音楽写本のコレクションを含む無数の中世写本とポール・トローガーのフレスコ画がある図書館だ。

その名声と学術的な名声により、1780年から1790年に他の多くのオーストリア修道院が押収・解散されたときにもメルクは皇帝ヨーゼフ2世の解散から何とか逃れることができた。

第二次世界大戦後、学校は修道院に返還され、現在は男女合わせて約900人の生徒が学んでいる。

ウンベルト・エーコは小説「薔薇の名前」の中で、主人公の一人を「メルクのアドソ」と名付け、修道院とその有名な図書館への賛辞としています。

その卒業生の中には、19世紀オーストリアの劇作家・短篇作家、フリードリヒ・ハームが含まれていました。

メルク修道院はまた、パトリック・リー・ファーモアが第二次世界大戦前のヨーロッパを歩いて旅した自伝的作品『贈り物の時』の中で、比喩的なクライマックス（「発見の山脈の頂点」）として登場し、その中に当時の修道院の描写が含まれています。

修道院は世界遺産「ヴァッハウの文化的景観」の一部である。