ゲームは見えないグリッドでマッピングされた完全な3Dで、丘陵地に合わせて車両が傾き、障害物によって投射物がリアルにブロックされることもあります。

ゲームでは、基地建設や資源収集といった通常のリアルタイム戦略要素が踏襲されていますが、「Metal Fatigue」が他のタイトルと異なるのは、「Combots」というハイテクメカ風の巨大なジャガーノートと戦うことができる点です。

コンボットは、胴体、1対の脚、2本の独立した腕（コンボットパイロットを除く）の4つの主要パーツによってカスタマイズすることができます。 また、破壊された敵のコンボットをサルベージし、その様々なパーツを入手することも可能です。 さらに重要なことは、それらを研究してリバースエンジニアリングし、プレイヤーの技術基盤に追加することができることです。

ゲームでは、ユニットは経験によってランクアップすることはできませんが、シングルプレイヤーミッションの完了後、プレイヤーはコンボットパイロット、車両または構造物のアップグレードに使用できるポイントが与えられます。 戦場は軌道レベル、地上レベル、地下レベルの3つのレイヤーに分かれています。 飛行機能を持つコンボットは、軌道面と地表面を自由に行き来することができる。 地下は車両のみ通行可能で、地上から進入しなければならないが、車両生産施設はドリルユニットでエレベータを建設し、ビルダーユニットを送り込むことで建設可能である。