ミスター・サブは、1968年にカナダのトロントで、会計事務員のジャック・レヴィンソンと体育教師のアール・リンゾンの2人の友人によって、1500ドルの創業資金で設立されました。 創業者たちは、高品質の食品を早く提供し、新鮮で、何よりも顧客に価格に見合った価値を提供することを目指していました。

最初のミスター・サブ・レストラン（当時はミスター・サブマリン）は、ヨークビル通り130番地、ヴィクトリア朝の長屋を改造した1階で開店しました。 1972年、Mr.Submarine は最初のフランチャイズを販売し、1990年に正式に Mr.Sub となりました。

1990年代半ば以降、カナダで Subway フランチャイズが導入されたため、Mr.Sub は衰退していきました。 2005 年には、コーヒーチェーン「セカンドカップ」の元オーナーであるマイケル・ブレグマンがこのチェーンの買収を考えているとの憶測が流れた。 このほか、スイス・シャレーの親会社であるカラ・オペレーションズやKFCを運営するプリズム・カナディアン・インカム・ファンドなどの名前が、買収候補として挙がっている。

2011年8月18日、当時 Country Style を所有していた MTY Food Group は、2011年10月末に Mr.SUB を 2300 万ドルで買収すると発表した。 現在では、小さな町や田舎町の市場で生き残っているいくつかのクイックサービス・ブランドや、昔からサンドイッチを提供している普通のテイクアウト店との厳しい競争に直面しています

。