1876年、アンダルシア最南端の歴史的港町カディスに生まれた、今世紀最大のスペイン人作曲家である。 20歳のときに家族でマドリードに移住し、著名な教師ホセ・トラゴに師事した。 その後、19世紀末に起こったスペイン音楽の復興を主導した教師であり学者であるフェリペ・ペドレルに作曲を師事した。
1904年、ファリャの一幕物オペラLa vida breve（人生は短い）が、スペイン芸術アカデミー作曲コンクールで優勝し、同時にピアノメーカーOrtiz y Cussóが主催する権威あるピアノ賞を受賞する。 1907年、長年の夢であったパリへの旅を果たし、ラヴェル、ドビュッシー（以前から交流があった）、そして特にポール・デュカスに歓迎される。 1914年に戦争が勃発し、帰国を余儀なくされる前に、いくつかの室内楽作品を完成させ、「スペインの庭の夜」の作曲に取り掛かった。
2年後、ディアギレフからロシア・バレエのための作品を書くよう依頼され、2つのタブローからなるパントマイム劇『奉行と粉屋の女房』を作曲、その後いくつかの修正を加えて『三本角の帽子』になり、1919年にロンドンでマシーンの振付とピカソのデザインで大成功を収める。
1919年に両親を亡くし、グラナダに移住。内戦終結（1939年）まで滞在し、「ペドロ様の人形劇」「サイケ」「ハープシコード協奏曲」などの代表作を作曲した。 その後アルゼンチンに移り住み、1946年に70歳の誕生日の数日前に亡くなるまで、膨大なオラトリオ「アトランティダ」を未完成のまま残した。