A propos du centre HMS LINCS
Le centre LINCS de la Harvard Medical School (HMS) est financé par la subvention NIH U54 HL127365 et fait partie du programme NIH Library of Integrated Network-based Cellular Signatures (LINCS). Les objectifs généraux de ce programme sont de collecter et de diffuser les données et les outils analytiques nécessaires pour comprendre comment les cellules humaines répondent aux perturbations causées par les médicaments, l’environnement et les mutations. De plus amples informations sur le programme LINCS et les autres centres participants sont disponibles sur le site Web du programme.
Le centre LINCS de HMS vise à découvrir les principes fondamentaux de la réponse cellulaire aux perturbations, y compris la relation entre la dose et la réponse, l’origine et la signification de la variation d’une cellule à l’autre, et la base moléculaire de la sensibilité et de la résistance aux médicaments. Les données générées à l’HMS comprennent des essais biochimiques, protéomiques et d’imagerie multiplex pour lesquels les normes de diffusion sont peu développées ; l’amélioration de ces normes et la libération de toutes les données, algorithmes et conclusions de nos carnets et articles est un objectif clé du Centre. Le Centre développe également de nouveaux algorithmes pour l’analyse à grande échelle d’ensembles de données complexes sur les perturbations et les réponses, qui sont disponibles sur des pages de résumé de projet personnalisées. Nous publions généralement au moins une analyse biologique de chaque ensemble de données, mais ces articles ne décrivent qu’une des nombreuses utilisations des données. Nous encourageons les utilisateurs à explorer les données primaires en fonction de leurs propres idées et algorithmes.
Assays
Nous nous concentrons sur les essais biochimiques et cellulaires sur (i) les inhibiteurs de kinases à petites molécules, une classe d’agents thérapeutiques de premier plan pour le traitement du cancer, des maladies auto-immunes et d’autres maladies ; (ii) les modificateurs de l’épigénome tels que les bromodomaines et les inhibiteurs de HDAC ; et (iii) les ligands naturels tels que les facteurs de croissance et les cytokines inflammatoires. Dans l’ensemble, nous établissons le profil des réponses de ~100 lignées cellulaires et de types de cellules primaires à ~400 perturbateurs à travers la dose et le temps.
Accès aux données, algorithmes et outils
HMS LINCS fournit un accès public opportun à toutes les données et logiciels pertinents conformément à la politique de libération des données du programme NIH LINCS. Le téléchargement simple et l’accès programmatique sont tous deux pris en charge.
Exploration des données et cas d’utilisation : Les pages de résumé et d’exploration des publications du programme HMS LINCS fournissent des descriptions des principaux résultats, des liens vers les ensembles de données pertinents dans la base de données HMS LINCS et des outils personnalisés de visualisation des données. Ces outils et d’autres sont disponibles via notre page de logiciels.
Accès aux données : Tous les ensembles de données HMS LINCS diffusés publiquement et les métadonnées des réactifs sont accessibles via la base de données HMS LINCS, où des fonctions de recherche permettent d’interroger des ensembles de données et des réactifs spécifiques (par exemple, par type de cellule ou par perturbateur). Ces fonctions de recherche et de téléchargement sont activement améliorées et nous encourageons les utilisateurs à envoyer leurs commentaires à lincs-feedback hms.harvard.edu.
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