Durant la dernière moitié du XVIe siècle, un certain nombre de daimyōs devinrent suffisamment puissants soit pour manipuler le shogunat Ashikaga à leur avantage, soit pour le renverser purement et simplement. Une tentative de renverser le bakufu (terme japonais pour désigner le shogunat) fut faite en 1560 par Imagawa Yoshimoto, dont la marche vers la capitale connut une fin ignominieuse aux mains d’Oda Nobunaga lors de la bataille d’Okehazama. En 1562, le clan Tokugawa qui était adjacent à l’est du territoire de Nobunaga devint indépendant du clan Imagawa, et s’allia à Nobunaga. La partie orientale du territoire de Nobunaga n’a pas été envahie par cette alliance. Nobunaga a ensuite déplacé son armée vers l’ouest. En 1565, une alliance des clans Matsunaga et Miyoshi tenta un coup d’État en assassinant Ashikaga Yoshiteru, le 13e Ashikaga shōgun. Des querelles internes les empêchent cependant d’agir rapidement pour légitimer leur prétention au pouvoir, et ce n’est qu’en 1568 qu’ils parviennent à installer le cousin de Yoshiteru, Ashikaga Yoshihide, comme prochain shōgun. L’échec de l’entrée à Kyoto et de la reconnaissance de la cour impériale avait cependant laissé la succession dans le doute, et un groupe de conservateurs du bakufu dirigé par Hosokawa Fujitaka négocia avec Nobunaga pour obtenir le soutien du frère cadet de Yoshiteru, Yoshiaki.
Nobunaga, qui s’était préparé pendant plusieurs années à une telle opportunité en établissant une alliance avec le clan Azai dans le nord de la province de Ōmi, puis en conquérant la province voisine de Mino, marchait maintenant vers Kyoto. Après avoir mis en déroute le clan Rokkaku dans le sud de Ōmi, Nobunaga oblige les Matsunaga à capituler et les Miyoshi à se retirer à Settsu. Il pénètre ensuite dans la capitale, où il réussit à obtenir la reconnaissance de l’empereur pour Yoshiaki, qui devient le 15e et dernier shōgun Ashikaga.
Nobunaga n’a cependant aucune intention de servir le bakufu de Muromachi, et s’attache désormais à resserrer son emprise sur la région de Kinai. La résistance sous la forme de daimyōs rivaux, de moines bouddhistes intransigeants et de marchands hostiles fut éliminée rapidement et sans pitié, et Nobunaga acquit rapidement la réputation d’un adversaire impitoyable et implacable. À l’appui de ses démarches politiques et militaires, il institua une réforme économique, supprimant les obstacles au commerce en invalidant les monopoles traditionnels détenus par les sanctuaires et les guildes, et encourageant l’initiative en instituant des marchés libres connus sous le nom de rakuichi-rakuza.
Le shōgun Ashikaga Yoshiaki, nouvellement installé, était également extrêmement méfiant à l’égard de son puissant serviteur nominal Nobunaga, et commença immédiatement à comploter contre lui en formant une vaste alliance de presque tous les daimyō adjacents au royaume d’Oda. Cela comprenait le proche allié et beau-frère d’Oda, Azai Nagamasa, le suprêmement puissant Takeda Shingen, ainsi que les moines guerriers du centre monastique des bouddhistes Tendai au Mont Hiei près de Kyoto (qui devint la première victime majeure de cette guerre car il fut complètement détruit par Nobunaga).
Alors que l’armée d’Oda s’enlisait dans des combats à tous les coins de rue, Takeda Shingen dirigeait ce qui était alors largement considéré comme l’armée la plus puissante du Japon et marchait vers la base domestique d’Oda à Owari, écrasant facilement le jeune allié de Nobunaga et futur shōgun Tokugawa Ieyasu dans la bataille de Mikatagahara en cours de route.
Cependant, alors que l’armée Takeda était sur le point d’oblitérer l’alliance Oda-Tokugawa, Takeda Shingen périt soudainement, dans des circonstances mystérieuses. (Les multiples suggestions pour sa disparition incluent la mort sur le champ de bataille par un tireur d’élite, un assassinat par un ninja et un cancer de l’estomac). Ayant soudainement perdu leur chef, l’armée Takeda s’est rapidement repliée sur sa base d’origine dans la province de Kai et Nobunaga a été sauvé du bord de la destruction.
Avec la mort de Takeda Shingen au début de 1573, l' »alliance anti-Oda » qu’Ashikaga Yoshiaki a créée s’est rapidement effondrée car Nobunaga a détruit dans une succession rapide l’alliance du clan Asakura et du clan Azai qui menaçait son flanc nord, et peu après a expulsé le shōgun lui-même de Kyoto.
Même après la mort de Shingen, il restait plusieurs daimyōs assez puissants pour résister à Nobunaga, mais aucun n’était situé assez près de Kyoto pour constituer une menace politique, et il semblait que l’unification sous la bannière d’Oda était une question de temps.
Les ennemis de Nobunaga n’étaient pas seulement les autres daimyōs, mais aussi les adhérents d’une secte bouddhiste Jōdo Shinshū qui fréquentaient l’Ikkō-ikki, dirigée par Kennyo. Il endura bien que Nobunaga ne cesse d’attaquer sa forteresse pendant dix ans. Nobunaga expulsa Kennyo la onzième année, mais, à la suite d’une émeute provoquée par Kennyo, le territoire de Nobunaga subit l’essentiel des dégâts. Cette longue guerre fut appelée guerre Ishiyama Hongan-ji.
Nobunaga était très intéressé par les cultures étrangères, en particulier celles de l’Europe occidentale. Une quantité importante de culture chrétienne occidentale a été introduite au Japon par des missionnaires venus d’Europe. Grâce à cette exposition, le Japon a reçu de nouveaux aliments, une nouvelle méthode de dessin, l’astronomie, la géographie, la science médicale et de nouvelles techniques d’impression. Plus important encore, le commerce avec l’Europe a fourni aux armées de Nobunaga de nouvelles armes, parmi lesquelles le fusil à mèche ou arquebuse.
Nobunaga a décidé de réduire le pouvoir des monastères bouddhistes, et a accordé sa protection au christianisme, bien qu’il ne se soit jamais converti au christianisme lui-même. Il massacre de nombreux prêtres bouddhistes qui lui résistent et brûle leurs temples fortifiés.
Les activités des commerçants européens et des missionnaires catholiques(Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino et de nombreux missionnaires) au Japon, non moins que les entreprises japonaises à l’étranger, donnent à cette période une saveur cosmopolite.
Durant la période de 1576 à 1579, Nobunaga construisit, sur la rive du lac Biwa à Azuchi, le château d’Azuchi, un magnifique château de sept étages qui devait servir non seulement de fortification militaire imprenable, mais aussi de résidence somptueuse, symbole de l’unification.
Ayant assuré son emprise sur la région de Kinai, Nobunaga était désormais assez puissant pour confier à ses généraux la tâche de soumettre les provinces périphériques. Shibata Katsuie se voit confier la tâche de conquérir le clan Uesugi à Etchū, Takigawa Kazumasu affronte la province de Shinano que gouverne un fils de Shingen Takeda Katsuyori, et Hashiba Hideyoshi se voit confier la redoutable tâche d’affronter le clan Mōri dans la région de Chūgoku, à l’ouest de Honshū.
En 1575, Nobunaga remporte une importante victoire sur le clan Takeda lors de la bataille de Nagashino. Malgré la forte réputation de la cavalerie samouraï de Takeda, Oda Nobunaga adopta la technologie relativement nouvelle de l’arquebuse et lui infligea une défaite écrasante. L’héritage de cette bataille obligea à une révision complète de la guerre traditionnelle japonaise.
En 1582, après une campagne prolongée, Hideyoshi demanda l’aide de Nobunaga pour vaincre une résistance tenace. Nobunaga, faisant escale à Kyoto sur son chemin vers l’ouest avec seulement un petit contingent de gardes, fut attaqué par l’un de ses propres généraux mécontents, Akechi Mitsuhide, et se suicida.