La vieille ville, Noto Antica, se trouve à 8 kilomètres (5 mi) directement au nord sur le mont Alveria. Ville d’origine sicilienne, elle était connue sous le nom de Netum dans l’Antiquité. En 263 avant J.-C., la ville a été accordée à Hiero II par les Romains. Selon la légende, Dédale a séjourné dans la ville après son vol au-dessus de la mer Ionienne, tout comme Hercule après sa septième tâche. À l’époque romaine, elle s’opposa au magistrat Verres.
En 866, elle fut conquise par les musulmans, qui élevèrent la ville au rang de capitale d’un des trois districts de l’île (le Val di Noto). En 1091, elle devint la dernière place forte islamique de Sicile à tomber aux mains des chrétiens. Plus tard, elle devient une riche cité normande.
Au XVIe et au XVIIe siècle, la ville accueille plusieurs personnalités intellectuelles notables, dont Giovanni Aurispa, les juristes Andrea Barbazio et Antonio Corsetto, ainsi que l’architecte Matteo Carnelivari et le compositeur Mario Capuana. En 1503, le roi Ferdinand III lui accorde le titre de civitas ingeniosa (« Ville ingénieuse »). Au cours des siècles suivants, la ville s’étendit, dépassant ses limites médiévales, et de nouveaux bâtiments, églises et couvents furent construits.
La ville médiévale de Noto fut pratiquement rasée par le tremblement de terre sicilien de 1693. Plus de la moitié de la population aurait péri dans le tremblement de terre. Il fut décidé de reconstruire la ville à l’emplacement actuel, sur la rive gauche de la rivière Asinaro, plus près du rivage ionien. Ces circonstances ont permis à cette ville de présenter une homogénéité architecturale unique, puisque le noyau de la ville a été construit au cours des décennies qui ont suivi la catastrophe, dans ce qui est un exemple typique et très bien conservé du baroque sicilien. Le plan suit le système de grille de Giovanni Battista Landolina et utilise la pente de la colline pour des effets scénographiques. Les architectes Rosario Gagliardi, Francesco Sortino et d’autres ont participé à la conception de plusieurs structures. La ville a été surnommée le « jardin de pierre » par Cesare Brandi et figure actuellement sur la liste des sites du patrimoine mondial de l’UNESCO. La plupart des structures les plus récentes sont construites en pierre de tuf tendre, qui prend une tonalité de miel à la lumière du soleil. Certaines parties de la cathédrale se sont toutefois effondrées de manière inattendue en 1996.
La ville, qui avait perdu son statut de capitale provinciale en 1817, s’est rebellée contre la Maison de Bourbon le 16 mai 1860, laissant ses portes ouvertes à Giuseppe Garibaldi et son expédition. Cinq mois plus tard, le 21 octobre, un plébiscite scelle l’annexion de Noto au Piémont.
En 1844, Noto est nommée diocèse, mais subit en 1866 l’abolition des guildes religieuses, qui étaient profondément liées aux structures et aux bâtiments de la ville.