En 1775, Biddle retourne en Amérique du Nord pour offrir ses services à l’État de Pennsylvanie dans son opposition à la domination britannique. Avec le déclenchement de la guerre d’indépendance américaine, le comité de sécurité de Pennsylvanie confie à Biddle le commandement de la galère armée Franklin. En décembre 1775, Biddle est commissionné dans la marine continentale et nommé capitaine du brick de 14 canons Andrew Doria.

Biddle participe à l’expédition contre New Providence, et combat dans l’action de la marine continentale avec le HMS Glasgow le 6 avril 1776. Biddle était très critique de l’action, notant que le manque de signalisation par le Commodore Esek Hopkins a conduit à une action  » en dents de scie « . Biddle capturera par la suite de nombreux navires, y compris des transports de l’armée britannique, lors de croisières ultérieures.

Biddle participe ensuite à une croisière sur les bancs de Terre-Neuve qui est si réussie dans la prise de navires, que lorsque Biddle rentre au port, il n’a plus que cinq marins à bord de son navire ; les autres équipent les prix pris pendant la croisière.

Le 6 juin 1776, Biddle est nommé par le Congrès continental pour commander Randolph, une frégate de 32 canons alors en construction à Philadelphie. Elle a été lancée vers la fin de l’année et a pris la mer au début de l’année 1777. En septembre 1777, Biddle capture le HMS True Briton et son convoi de trois navires.

Le 7 mars 1778, au large de la Barbade, Randolph engage le navire de ligne britannique de 64 canons HMS Yarmouth. Plutôt que d’essayer de fuir l’adversaire plus lourdement armé, Randolph a engagé le combat afin de protéger un convoi marchand américain. Un témoin oculaire rapporte que la frégate a tenu bon pendant les vingt minutes de l’engagement, semblant  » tirer quatre ou cinq bordées contre une seule pour le Yarmouth « . Après que Biddle ait été blessé, Randolph a explosé soudainement, tuant les 305 personnes à bord, y compris Biddle, sauf quatre. La perte de Randolph a été un coup dur pour la jeune marine continentale. Son corps a été perdu en mer et n’a jamais été retrouvé.

Son frère, Edward Biddle, était un ardent défenseur de l’indépendance américaine, et son neveu, Nicholas Biddle, était un banquier estimé.

Quatre navires de la marine américaine ont été nommés USS Biddle en son honneur.

Le livre deyrus Townsend Brady, For Love of Country, est basé en partie sur la vie de Nicholas Biddle.