Nerja a une longue histoire, comme en témoignent les peintures primitives trouvées dans ses célèbres grottes de Nerja, découvertes en 1959. On pense maintenant que ces grottes ne sont qu’une entrée d’une série de dolines reliées entre elles, s’étendant sur plusieurs kilomètres dans les montagnes entre Nerja et Grenade, et qui pourraient encore s’avérer être l’un des plus vastes systèmes inexplorés d’Europe. Les visiteurs des grottes pourront voir les restes de l’un des anciens habitants de Nerja.
Les Romains ont construit ici trois établissements, dont Detunda, dont on peut maintenant voir de grands vestiges. La région a ensuite été reprise par les Arabes au début du 8e siècle. Sous les Maures, la ville était connue sous le nom de Narixa, qui signifie « source abondante », d’où dérive le nom actuel.
Ses produits agricoles et de soie seraient réputés dans tout le monde musulman et sur les marchés de Damas dès le Xe siècle.
Le Balcón de Europa, un mirador ou point de vue qui offre une vue imprenable sur la mer, se trouve au centre de la vieille ville. On pense généralement que son nom a été inventé par le roi Alphonse XII, qui a visité la région en 1885 après un tremblement de terre désastreux et a été captivé par la scène. Le folklore local raconte qu’il s’est tenu sur le site où se trouve aujourd’hui le Balcón et qu’il a déclaré : « C’est le balcon de l’Europe ». Des documents d’archives locales montreraient que son nom est antérieur à cette visite, ce qui n’a pas empêché les autorités de placer une statue grandeur nature (et très photographiée) du roi debout près de la balustrade.
La zone du Balcón était à l’origine connue sous le nom de La Batería, en référence à la batterie de canons qui existait là dans une tour fortifiée. Cet emplacement et une tour similaire à proximité ont été détruits pendant la guerre péninsulaire. En mai 1812, les navires britanniques Hyacinth, Termagant et Basilisk ont soutenu les guérilleros espagnols sur la côte de Grenade, contre les Français. Le 20 mai, le Termagant ou le Hyacinth ouvrent le feu et les forts sont détruits. Deux canons rouillés placés à l’extrémité du Balcón rappellent cette époque violente. Les énormes morceaux de roche, les restes de La Batería, visibles dans la mer à l’extrémité du Balcón, sont une autre preuve de cette action.
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