Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, anciennement Not Another Molecular Dynamics Program) est un logiciel informatique de simulation de dynamique moléculaire, écrit à l’aide du modèle de programmation parallèle Charm++. Il est réputé pour son efficacité parallèle et est souvent utilisé pour simuler de grands systèmes (des millions d’atomes). Il a été développé par la collaboration du Groupe de biophysique théorique et computationnelle (TCB) et du Laboratoire de programmation parallèle (PPL) de l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign.
Université de l’Illinois à Urbana-Champaign : Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995 ; il y a 26 ans
C++
Multiplateforme : Windows, Linux, macOS, Unix
x86, x86-64
Anglais
Simulation de dynamique moléculaire
Propriétaire, freeware pour une utilisation non commerciale
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Il a été introduit en 1995 par Nelson et al. comme un code de dynamique moléculaire parallèle permettant une simulation interactive en se liant au code de visualisation VMD. NAMD a depuis mûri, ajoutant de nombreuses fonctionnalités et s’échelonnant au-delà de 500 000 cœurs de processeur.
NAMD possède une interface avec les paquets de chimie quantique ORCA et MOPAC, ainsi qu’une interface scriptée avec de nombreux autres paquets quantiques. Avec Visual Molecular Dynamics (VMD) et QwikMD, l’interface de NAMD donne accès à des simulations hybrides QM/MM dans une suite intégrée, complète, personnalisable et facile à utiliser.
NAMD est disponible en tant que freeware pour une utilisation non commerciale par des individus, des institutions académiques et des sociétés pour des utilisations commerciales internes.