Bien que la majorité des chansons de My Brain Hurts aient été écrites par Weasel, comme le matériel des albums précédents du groupe, il a également commencé à collaborer davantage avec Vapid et moins avec Jughead. La seule chanson de l’album à créditer Jughead en tant que co-auteur est « Fathead », dont la version originale figurait auparavant sur le Punkhouse EP. Rétrospectivement, Weasel qualifiera Vapid de  » seule personne avec laquelle je me sentais à l’aise pour écrire des chansons  »

Le lead de guitare de  » Guest List  » a été écrit à l’origine par Vapid pour une chanson de Sludgeworth, mais il  » ne fonctionnait tout simplement pas « , tandis que le refrain  » m’est passé par la tête  » alors qu’il traversait en voiture Roscoe Village à North Center, Chicago, peu avant que le groupe n’aille enregistrer l’album. Lors d’un voyage à Olympia, Washington, Vapid a montré ce qu’il avait écrit à Weasel, qui a combiné l’idée du lead et du refrain en une seule chanson. Weasel a également fait monter le lead d’une octave, ce qui serait un « coup de chapeau aux héros locaux Naked Raygun ». Weasel a écrit la plupart des paroles de la chanson, mais a déclaré que « ‘Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ était une ligne qui ne pouvait venir que de Vapid. »

Selon Vapid, « Veronica Hates Me » a commencé comme un jeu sur la chanson de Material Issue « Valerie Loves Me ». « À l’époque, je suppose que nous nourrissions de la mauvaise volonté envers leur chanteur, Jim Ellison, pour nous avoir arnaqués lors d’un spectacle dont il faisait la promotion », déclare Vapid. En écrivant la chanson, Weasel a déclaré qu’il avait « essayé de prendre les accords standards utilisés dans le vieux rock ‘n’ roll et remis au goût du jour par les Ramones, et de les déformer un peu ». Weasel a déclaré que lorsqu’il a commencé à écrire la chanson, il s’est fixé comme règle de ne pas « sortir des quatre accords standards utilisés dans ce style de chanson ». « Au moment de la pause, j’ai utilisé un arrangement traditionnel pour donner à l’auditeur ce que je supposais qu’il voudrait après avoir tenu bon pendant la majorité de la chanson », a-t-il déclaré. Bien qu’elle n’ait pas été coécrite avec Vapid, Weasel a déclaré qu’il avait écrit la chanson « avec lui en tête », expliquant que « certaines de mes meilleures chansons de cette époque provenaient uniquement de mon désir d’écrire des chansons qui l’impressionneraient. »

Weasel a déclaré qu’il « s’est éclaté à arranger ‘I Can See Clearly' », admettant que « c’était la première fois que je faisais un arrangement décent de la chanson de quelqu’un d’autre et j’étais très heureux des résultats. » Cependant, l’arrangement du groupe ne comprenait pas le pont de l’original. « Notre version ne justifiait pas vraiment un pont, alors je l’ai remplacé par le lead de guitare d’ouverture, qui s’est ensuite transformé en lead mélodique pour les quatre dernières mesures », a déclaré Weasel.

« The Science of Myth » a été partiellement inspiré par le documentaire de 1988 de PBS Joseph Campbell and the Power of Myth. Weasel a déclaré qu’il « s’est intéressé à l’application des croyances spirituelles » après l’avoir regardé et a essayé d’écrire et d’arranger la chanson dans un style « favorisé par le type de groupe punk qui écrirait typiquement des chansons anti-religion. » Il s’est également inspiré de la chanson « The History of the Concept of the Soul » de The Mr. T Experience, disant qu’il « voulait essayer de faire quelque chose de similaire en écrivant ce qui ressemblerait à la version Cliff’s Notes d’un essai et en le faisant couler au lieu de l’écrire à la manière d’un texte de rock conventionnel ». À l’origine, Weasel a débattu de ne pas mettre la chanson sur l’album, disant qu’elle semblait « un peu déplacée », mais a ensuite décidé de l’inclure après l’avoir enregistrée.