Le syndrome IPEX se développe le plus souvent dans les premiers jours ou semaines de vie et touche exclusivement les garçons. Il se manifeste classiquement par l’apparition séquentielle de la triade entéropathie, maladie auto-immune (notamment le diabète sucré de type I) et atteinte cutanée, mais les caractéristiques cliniques et la gravité de la maladie peuvent varier considérablement d’un individu à l’autre. L’entéropathie auto-immune grave se manifeste par une diarrhée sécrétoire rebelle entraînant une malabsorption, une perturbation des électrolytes et un retard de croissance. Des vomissements, un iléus, une gastrite ou une colite peuvent également être observés. Les patients présentent également des endocrinopathies auto-immunes, généralement un diabète sucré insulinodépendant (DM de type 1), souvent dans la petite enfance, mais aussi une thryroïdite entraînant une hypothyroïdie ou une hyperthyroïdie. L’atteinte cutanée consiste en une éruption prurigineuse généralisée ressemblant à un eczéma, un psoriasis, et/ou une dermatite atopique ou exfoliative. Moins fréquemment, une alopécie ou une onychodystrophie peut être observée. Les patients peuvent développer des cytopénies auto-immunes, des thrombocytopénies, des anémies hémolytiques et des neutropénies. L’implication auto-immune peut également entraîner une pneumonie, une hépatite, une néphrite, une myosite, une splénomégalie et/ou une lymphadénopathie. Des infections locales ou systémiques (par exemple, pneumonie, infections à Staphylococcus aureus, candidose) peuvent survenir mais semblent être dues à la perte des barrières cutanées et intestinales, aux traitements immunosuppresseurs et à une mauvaise alimentation plutôt qu’à une immunodéficience primaire. Des résultats neurologiques comprenant une neuropathie périphérique, une myopathie et une hypotonie sont décrits,

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