Le Danemark a déclenché des sonneries d’alarme cette semaine en annonçant qu’il abattait l’ensemble du troupeau de visons du pays – le plus grand au monde – pour arrêter la propagation du virus SRAS-CoV-2 chez cette espèce de fourrure prisée, en raison de mutations potentiellement dangereuses.

Les sauts de virus entre espèces rendent les scientifiques nerveux – tout comme les suggestions de mutations potentiellement importantes qui résultent de ces sauts. Dans ce cas, les autorités danoises disent avoir trouvé certaines modifications génétiques qui pourraient compromettre l’efficacité des vaccins Covid-19 actuellement en cours de développement.

Mais ce dernier rebondissement dans la saga du Covid-19 est-il une raison de s’inquiéter profondément ? Plusieurs experts consultés par STAT ont suggéré que la réponse à cette question est probablement non.

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« Cela touche tous les boutons effrayants », a noté Carl Bergstrom, un biologiste de l’évolution à l’Université de Washington. Mais Bergstrom et d’autres ont fait valoir que si le penchant du virus pour l’infection du vison porte à regarder, il n’est pas susceptible de conduire à une souche cauchemardesque plus efficace pour infecter les gens que le virus humain actuel.

« Je ne crois pas qu’une souche qui s’adapte au vison présente un risque plus élevé pour l’homme », a déclaré François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London.

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« On ne peut jamais rien exclure, mais en principe, ça ne devrait pas. Il ne devrait certainement pas augmenter la transmission. Je ne vois pas de bonne raison pour que cela rende le virus plus sévère », a-t-il déclaré.

Regardons ce que l’on sait de la situation danoise, pourquoi les sauts inter-espèces rendent les scientifiques nerveux, si les mutations sont susceptibles d’affecter l’efficacité du vaccin, et pourquoi Balloux pense que cette situation est « fantastiquement intéressante ». »

Que se passe-t-il dans l’État du Danemark ?

Le Danemark est le plus grand producteur de visons au monde – selon certaines estimations, 40 %.

Malheureusement, les visons sont sensibles au virus du SRAS-2, un fait qui a été mis en lumière en avril lorsque les Pays-Bas ont signalé des épidémies dans les fermes de visons de ce pays. Les humains infectés qui travaillent dans ces élevages transmettent le virus aux visons captifs, qui sont logés dans des locaux étroits idéaux pour une transmission rapide de vison à vison.

Occasionnellement, les visons infectent des personnes – un phénomène enregistré à la fois aux Pays-Bas et au Danemark. Dans un communiqué, le ministère danois de l’Environnement et de l’Alimentation a déclaré que le pays abattrait l’ensemble de son troupeau – estimé à environ 17 millions d’animaux – après avoir découvert des mutations dans les virus provenant du vison qui, selon lui, permettraient à ces virus d’échapper à la protection immunitaire générée par les vaccins Covid-19.

Pourquoi pensent-ils que les virus mutés échapperaient aux vaccins ?

Les experts à l’extérieur du pays ne savent pas exactement sur quoi repose cette affirmation. Bien que certaines informations aient été publiées sur les mutations enregistrées, ce n’est pas encore suffisant pour soutenir une affirmation aussi audacieuse, a déclaré Marion Koopmans, chef du service de virologie du Centre médical Erasmus de Rotterdam, aux Pays-Bas, où une grande partie des analyses des virus provenant des foyers de visons néerlandais ont été effectuées.

« C’est une très grosse déclaration », a déclaré Koopmans. « Une seule mutation, je ne m’attendrais pas à ce qu’elle ait un effet aussi spectaculaire ».

Les experts extérieurs n’ont pas eu de données de séquençage génétique à parcourir, a déclaré Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire à l’Institut de médecine sociale et préventive de Berne, en Suisse. Mais le Danemark a téléchargé jeudi 500 séquences génétiques dans des bases de données ouvertes aux scientifiques du monde entier, et devrait en ajouter des centaines d’autres dans les jours à venir.

Les experts vont scruter ces séquences à la recherche de ce que les Danois ont vu et pour essayer de déterminer l’impact que ces mutations peuvent avoir si les virus qui les contiennent infectent les gens.

Pour l’instant, cependant, Hodcroft est d’accord avec Koopmans. « Ce n’est presque jamais le cas que c’est une histoire si simple d’une mutation et tous vos vaccins cessent de fonctionner. »

Elle, franchement, est plus préoccupée par la façon dont l’annonce a été traitée que par les résultats eux-mêmes. « Cela met les scientifiques et le public dans une position vraiment difficile lorsque nous avons des déclarations comme celle-ci pour lesquelles nous avons très peu d’informations ou de contexte », a déclaré Hodcroft. « Ces choses ne sont essentiellement jamais noires ou blanches. »

Quel est le problème des sauts d’espèces de toute façon ?

Les sauts d’espèces rendent toujours les scientifiques nerveux. Après tout, c’est grâce à l’un de ces événements que nous nous sommes retrouvés avec la pandémie de Covid-19.

Les virus qui infectent généralement un type d’animal – prenons l’exemple des chauves-souris – qui se retrouvent dans une autre espèce peuvent déclencher une maladie grave chez la nouvelle espèce si le virus est capable de se transmettre efficacement. On pense, par exemple, que les quatre coronavirus – cousins du SRAS-2 – qui provoquent des rhumes communs sont passés d’autres espèces à l’homme à un moment donné dans le passé. Des cas de propagation de virus de la grippe – à partir de volailles ou de porcs – se produisent de temps à autre. La pandémie H1N1 de 2009 a été déclenchée lorsqu’un virus de la grippe qui circulait chez les porcs a commencé à infecter les humains.

Après des années passées à faire face à des débordements viraux comme les épidémies d’Ebola, les pandémies de grippe plus les sauts antérieurs de coronavirus comme l’épidémie de SRAS de 2003, les gens sont prêts à s’inquiéter de ces événements, a déclaré Bergstrom.

Mais c’est une situation différente, a-t-il dit. Il ne s’agit pas d’un virus inconnu des humains qui a sauté d’une espèce animale. Dans ce cas, un virus qui s’est déjà adapté à la propagation chez l’homme a sauté sur les visons et saute maintenant occasionnellement en arrière.

Bergstrom pense qu’il est prudent pour le gouvernement danois d’abattre le troupeau de visons. Mais il n’est pas sûr que les changements survenus chez le vison soient susceptibles d’aggraver le virus chez l’homme.

« Nous avons l’habitude d’être effrayés devant une pandémie lorsque quelque chose d’une espèce lointaine arrive dans une espèce plus proche. Et nos intuitions ne sont pas tout à fait justes pour ce qui se passe au milieu d’une pandémie quand quelque chose passe de nous à une espèce éloignée et revient ensuite », a-t-il dit.

Balloux et d’autres ont suggéré que les changements observés dans les virus du vison pourraient être un signe d’adaptation du virus pour infecter les visons – ce qui pourrait rendre les virus moins efficaces chez les personnes au fil du temps.

Pouvez-vous capturer un débordement en temps réel ?

Balloux estime que le risque que le débordement pose aux humains est « vraiment, vraiment faible ».

Mais il dit qu’il est exceptionnel de pouvoir réellement capturer en temps réel ce qui se passe lorsqu’un débordement se produit, et de tracer les changements génétiques dès le début.

Typiquement, lorsque de tels événements se produisent, les humains ne reconnaissent ce qui se passe que lorsqu’un virus s’est adapté pour se propager chez les humains. Par exemple, les premiers changements qui ont rendu le SRAS-2 capable de se transmettre d’une espèce animale encore inconnue à l’homme n’ont jamais été observés.

« C’est tout à fait exceptionnel », a déclaré Balloux. « Nous sommes toujours en retard. »

Une version antérieure de cette histoire indiquait que le Danemark produit 28% de l’approvisionnement mondial en visons. En fait, les estimations varient.