En 1289, le roi javanais Kertanagara maltraite l’envoyé de Kublai Khan, qui avait été envoyé pour exiger la soumission du roi. L’empereur mongol organise une expédition punitive en 1292, mais Kertanagara est tué par un rebelle kadiri, Jayakatwang, avant que les envahisseurs ne débarquent. Jayakatwang est à son tour rapidement renversé par le gendre de Kertanagara, connu plus tard sous le nom de Kertarajasa, qui utilise les Mongols à son avantage et les oblige à se retirer dans la confusion. La capitale du royaume est transférée à Majapahit. Pendant quelques années, le nouveau souverain et son fils, qui se considéraient comme les successeurs de Kertanagara, durent réprimer des rébellions à Java ; ce n’est qu’en 1319 que l’autorité de Majapahit fut fermement établie à Java avec l’aide du célèbre soldat Gajah Mada. Gajah Mada fut le chef de l’État sous le règne de Tribhuvana, la fille de Kertanagara (vers 1328-50), et c’est au cours de ces années que l’influence javanaise fut restaurée à Bali, Sumatra et Bornéo. L’arrière-petit-fils de Kertanagara, Hayam Wuruk, devient roi en 1350 sous le nom de Rajasanagara.

Le règne de Hayam Wuruk (1350-89) est considéré dans l’archipel comme la période la plus glorieuse de l’histoire javanaise. Le poème de Prapancha, le Nagarakertagama, offre un rare aperçu du royaume d’un point de vue du XIVe siècle. Le poème, appelé à l’origine Desa warnana (« La description du pays »), se décrit comme un « temple littéraire » et s’efforce de montrer comment la divinité royale imprègne le monde, le nettoyant de ses impuretés et permettant à tous de remplir leurs obligations envers les dieux et donc envers la terre sainte – le royaume de Java, désormais indivis. Le poème ressemble plus à un acte de culte qu’à une chronique. Le poète ne cache pas son intention de vénérer le roi et, dans la tradition de la poésie javanaise, il peut l’avoir commencé sous le stimulus d’une méditation pieuse destinée à le mettre en contact avec la divinité qui était incarnée dans le roi.

Les territoires centraux de la polity de Hayam Wuruk étaient probablement considérablement plus étendus que ceux de ses prédécesseurs. D’importants souverains territoriaux, liés à la famille royale par le mariage, étaient mis sous surveillance par leur incorporation dans l’administration de la cour. Bien qu’un réseau de fondations religieuses royales soit centré dans la capitale, il n’est pas clair si une structure de gouvernement plus centralisée et plus durable a été introduite ou si l’unité du royaume et l’autorité du souverain dépendaient toujours du prestige personnel de ce dernier. Prapancha, au moins, n’a pas attribué à Hayam Wuruk un degré d’autorité irréaliste, même si son poème est une représentation non déguisée des attributs de la divinité royale et des effets du pouvoir divin à Java. Lors de leurs déplacements dans le royaume, les fonctionnaires subalternes affirmaient l’autorité royale dans des domaines tels que les impôts et le contrôle des fondations religieuses. Un signe du prestige du roi était sa décision d’entreprendre une enquête foncière pour s’assurer que les privilèges de ses sujets étaient maintenus. En l’absence d’un système d’administration élaboré, l’autorité du gouvernement était renforcée par l’omniprésence de ses représentants, et personne ne donnait un exemple plus rigoureux que le roi lui-même. Selon Prapancha, « le prince ne resta pas longtemps dans la résidence royale », et une grande partie du poème est un récit des progrès royaux. De cette façon, Hayam Wuruk était en mesure d’affirmer son influence dans les régions agitées, d’obtenir l’hommage des seigneurs territoriaux, de rassurer les anciens des villages par ses visites, de vérifier les droits fonciers, de collecter le tribut, de rendre visite aux hommes saints dans la campagne pour sa propre illumination spirituelle et de pratiquer son culte dans les lieux saints mahayana, shaivites et javanais anciens. Ses voyages infatigables, du moins dans les premières années de son règne, signifiaient que nombre de ses sujets avaient l’occasion d’entrer en présence de celui qu’ils considéraient comme le réceptacle de la divinité.

L’une des sections les plus intéressantes du Nagarakertagama concerne la cérémonie annuelle du Nouvel An, au cours de laquelle les pouvoirs purificateurs du roi étaient renforcés par l’administration d’eau bénite. La cérémonie, à laquelle assistaient des visiteurs indiens érudits, permettait au poète d’affirmer que les seuls pays célèbres étaient Java et l’Inde car tous deux contenaient de nombreux experts religieux. À aucun moment de l’année, le rôle religieux du roi n’était reconnu avec plus d’insistance qu’au Nouvel An, lorsque les notables du royaume, les envoyés des vassaux et les chefs de village se rendaient à Majapahit pour rendre hommage et se faire rappeler leurs devoirs. La cérémonie se terminait par des discours aux visiteurs sur la nécessité de maintenir la paix et d’entretenir les rizières. Le roi expliquait que ce n’est que lorsque la capitale était soutenue par la campagne qu’elle était à l’abri des attaques des « îles étrangères ».

Puisque le poème vénère le roi, il n’est pas surprenant que plus de 80 endroits de l’archipel soient décrits comme des territoires vassaux et que les royaumes continentaux, à l’exception du Vietnam, soient dits protégés par le roi. Prapancha, croyant que la gloire du roi s’étendait dans toutes les directions, a délimité en détail ce qu’il percevait comme les limites de l’espace pertinent. Pas moins de 25 lieux de Sumatra sont notés, et les Moluques, dont les épices et autres produits étaient une source de richesse royale, sont bien représentées. En revanche, le nord de Célèbes (Sulawesi) et les Philippines ne sont pas mentionnés.

Du vivant de Hayam Wuruk, le prestige javanais à l’étranger était sans doute considérable, bien que le roi n’exigeât pas plus que l’hommage et le tribut de ses vassaux les plus importants, comme le souverain de Malayu à Sumatra. En 1377, lorsqu’un nouveau souverain malais a osé demander l’investiture du fondateur de la dynastie Ming en Chine, les envoyés de Hayam Wuruk à Nankin ont convaincu l’empereur que le malais n’était pas un pays indépendant. L’influence javanaise dans l’archipel dépendait cependant de l’autorité du souverain à Java même. Lorsque Hayam Wuruk meurt en 1389, le souverain de Palembang, dans le sud-est de Sumatra, voit l’occasion de répudier son statut de vassal. Il avait remarqué que la dynastie Ming avait rétabli le système commercial tributaire abandonné depuis longtemps et interdit les voyages chinois vers l’Asie du Sud-Est. Il pensait que les commerçants étrangers auraient à nouveau besoin du type d’installations d’entrepôt en Indonésie occidentale que Srivijaya-Palembang avait fourni des siècles auparavant. Il se serait même annoncé comme un bodhisattva et l’héritier des maharajas de Srivijaya. Les Javanais l’ont expulsé de Palembang et il s’est enfui à Singapour, puis à Malacca, dans la péninsule malaise.