En 1931, le service de santé publique des États-Unis a créé une unité d’hygiène dentaire au sein des instituts nationaux de la santé. Désigné comme le premier chercheur dentaire, le Dr H. Trendley Dean a étudié les communautés touchées par la maladie buccale connue sous le nom d’émail moucheté. Suite à la mise en œuvre d’un essai de fluoration de l’eau à Grand Rapids, Michigan, le National Institute of Dental Research (NIDR), a été créé par le président Harry S. Truman le 24 juin 1948. Les premières subventions et bourses qui soutenaient la recherche dentaire ont été accordées l’année suivante.
Dans un effort pour développer le NIDR, des plans pour financer la construction d’un bâtiment pour l’institut ont été approuvés par le président Dwight D. Eisenhower en 1958. L’Institut national de recherche dentaire a également créé le laboratoire de biochimie afin de poursuivre les recherches concernant la structure et les fonctions de diverses protéines. Dans la continuité de cette expansion, une subvention visant à développer plusieurs installations de recherche dentaire dans diverses universités a été approuvée en 1967. Ce programme espérait établir des environnements de recherche et de formation, ainsi que promouvoir des approches interdisciplinaires pour combattre les maladies bucco-dentaires.
En plus du Laboratoire de biochimie, d’autres laboratoires ont été établis dans les années 1974 et 1975. Ces laboratoires nouvellement établis se sont concentrés sur le domaine de la médecine orale ainsi que sur les domaines de la microbiologie et de l’immunologie. Un autre effort pour développer la recherche a été mis en œuvre une décennie plus tard. Le Dentist Scientist Award Program visait à fournir aux dentistes des opportunités et des incitations pour poursuivre des recherches indépendantes concernant la santé bucco-dentaire.
En 1986, la plus vaste enquête sur la santé dentaire des adultes américains a été réalisée par le NIDR. Cette étude a été la première à examiner les maladies bucco-dentaires à une échelle importante et détaillée. Suite à cette enquête, le National Oral Health Information Clearinghouse a été créé en 1993. L’objectif de cette base de données est de fournir des ressources aux professionnels de la santé, aux patients et au grand public en matière de santé bucco-dentaire. Poursuivant sa mission de diffusion d’informations importantes sur la santé, le NIDR a lancé son site Internet officiel en 1996.
A la suite de son 50e anniversaire, le NIDR a changé de nom pour devenir l’Institut national de recherche dentaire et craniofaciale (NIDCR).
En 2001, le NIDCR a publié son plan remanié visant à éliminer les disparités en matière de santé bucco-dentaire à travers les États-Unis. L’institut a donné suite à ce plan en créant cinq nouveaux centres de recherche pour la réduction des disparités en matière de santé bucco-dentaire.
Une décennie plus tard, Martha J. Somerman a été nommée huitième directrice du NIDCR. En encourageant la recherche fondamentale et le développement des chercheurs, le NIDCR vise à promouvoir la santé, à prévenir les maladies et les affections, et à développer de nouveaux diagnostics et de nouvelles thérapeutiques.