Organismes unicellulaires flagellés ou amiboïdes. La plupart des espèces sont phagotrophes (ou osmotrophes), mais une partie des Euglenophyceae (par exemple Euglena) est photosynthétique en utilisant des chloroplastes verts via une symbiose secondaire avec une plante verte. Chez certaines espèces, la mitochondrie est réduite, ce qui leur permet de vivre dans des environnements anaérobies tels que les sédiments et les intestins des animaux. Certains excavés tels que Trypanosoma (Euglenozoa), Giardia (Trepomonadea) et Trichomonas (Parabasalia) infectent et endommagent les humains.

Les excavés possèdent essentiellement deux ou quatre flagelles insérés de manière subapicale et un sillon ventral soutenu par des racines microtubulaires complexes. Le sillon ventral fonctionne comme un cytostome. Cependant, certains excavés comme les Euglenozoa, les Parabasalia et les oxymonades se sont transformés à partir de cette forme de base (par exemple, perte du sillon). La plupart des espèces de Percolozoa possèdent les cellules végétatives amiboïdes. Les cristaux mitochondriaux, s’ils sont présents, sont généralement discoïdes, mais certaines espèces possèdent des cristaux plats ou tubulaires. Chez les Trichozoaires et les Anaeromonades, les mitochondries se transforment en mitosomes ou en hydrogénosomes et perdent le génome mitochondrial, les cristaux et la capacité de respiration aérobie. L’acrasis (Percolozoa) forme un corps fructifiant et des spores (l’organisme était donc auparavant classé dans les moisissures visqueuses cellulaires). Il existe peu de rapports sur la reproduction sexuelle des excavés, mais des reproductions sexuelles uniques sont rapportées chez les oxymonades.

Les Excabata sont proposés sur la base de leurs caractéristiques ultrastructurales. Bien que les monophonies de certains clades (par exemple Trichozoa, Discicristata + Loukozoa, Anaeromonada) soient soutenues par des études phylogénétiques moléculaires, la monophonie des excavés entiers n’est pas réglée.