OntoBee AberOWL OLS NCBI

L’ontologie NCBITaxon est une traduction automatique de la base de données de taxonomie du NCBI en obo/owl.

La traduction traite chaque taxon comme une classe obo/owl dont les instances (pour la plupart des branches de l’ontologie) seraient des organismes individuels. Par exemple:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

La traduction reproduit fidèlement tout le contenu de la base de données source, même lorsque cela contrevient aux directives de l’OBO. Par exemple :

• La classe racine est appelée ‘racine’, plutôt que quelque chose comme ‘organisme’
• Les noms pluriels sont utilisés (à la fois les noms linnéens et les noms communs). Par ex. « mammifères »
• Le caractère d’organisme de certaines classes pourrait être contesté – soit biologiquement (« virus »), soit ontologiquement (« échantillons environnementaux »)
• Les synonymes peuvent inclure des guillemets dans le texte

PURLs

Les bourses pour cette ontologie sont :

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (purl officiel de l’ontologie)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (version obo-format)

Les PURL doivent être résolvables dans OntoBee. Par exemple,

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

Les rejets de l’obo/owl se produisent lorsque le Continuous IntegrationJob est déclenché manuellement. Actuellement, cela doit être fait par un administrateur OBO. Il n’y a pas actuellement de cycle fixe, et cela est généralement fait à la demande. L’équipe qui gère cela de manière informelle est:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Contactez la liste de diffusion (voir ci-dessous) pour des commentaires à ce sujet.

Extensions

Le GO utilise une extension de NCBITaxon à des fins de regroupement. Voir:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

cette ontologie inclut de nouvelles classes dans l’espace de nom NCBITaxon_Union. Ces classes sont toutes définies à l’aide d’unions – par exemple Prokaryote = Eubactéries OU Archae

Contraintes de taxons

L’une des principales utilisations de l’ontologie NCBITaxon est de définir des contraintes de taxons dans une ontologie multi-espèces. Pour plus de détails, voir:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., et Mungall, C. J. (2010). Formalisation des contraintes basées sur les taxons pour détecter les incohérences dans l’annotation et le développement d’ontologies. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Contraintes de taxons dans OWL (billet de blog)
• Contraintes de taxons dans Uberon
• Une taxonomie pour les immunologistes ICBO 2013

Listes de diffusion

.

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Notez que cela diffère des autres ontologies OBO en ce qu’il s’agit d’une traduction d’une base de données produite en dehors d’OBO. Si vous souhaitez suggérer des changements taxonomiques réels à la base de données, contactez le NCBI.

Le personnel du NCBI est très réactif et utile, comme le montre ce post de l’équipe Bgee

Si vous souhaitez suggérer des changements à la traduction, alors contactez le mainteneur ou la liste de diffusion ci-dessus.

Citation de l’ontologie NCBITaxon

Avant de citer, demandez-vous quel est l’artefact que vous souhaitez citer :

• La base de données de taxonomie NCBI
• Le rendu OBO/OWL de la base de données de taxonomie NCBI

Ce dernier est une traduction assez triviale du premier. Si vous citez le contenu d’une manière ou d’une autre, vous devez citer la base de données. Actuellement, la référence la plus à jour est :

• Federhen, Scott. La base de données de taxonomie du NCBI. Nucleic acids research 40.D1 (2012) : D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Si vous souhaitez spécifiquement citer la traduction OBO/OWL, utilisez l’URL de cette page