MODELLER est utilisé pour la modélisation homologique ou comparative de structures tridimensionnelles de protéines (1,2). L’utilisateur fournit un alignement d’une séquence à modéliser avec des structures apparentées connues et MODELLER calcule automatiquement un modèle contenant tous les atomes non hydrogène.MODELLER met en oeuvre la modélisation comparative de structures protéiques par la satisfaction de contraintes spatiales (3,4), et peut effectuer de nombreuses tâches supplémentaires, y compris la modélisation de novo de boucles dans les structures protéiques, l’optimisation de divers modèles de structure protéique par rapport à une fonction objectif définie de manière flexible, l’alignement multiple de séquences et/ou de structures protéiques, le regroupement, la recherche de bases de données de séquences, la comparaison de structures protéiques, etc. MODELLER est disponible en téléchargement pour la plupart des systèmes Unix/Linux, Windows et Mac.

Plusieurs interfaces graphiques de MODELLER sont disponibles dans le commerce. Il existe également de nombreuses autres ressources et personnes qui utilisent MODELLER dans des interfaces graphiques ou web ou dans d’autres cadres.

1. B. Webb, A. Sali. Modélisation comparative de la structure des protéinesUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc, 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Modélisation comparative de la structure des protéines des gènes et des génomes.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Modélisation comparative des protéines par satisfaction des contraintes spatiales. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, &A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

La version actuelle de Modeller est la 10.1, qui a été publiée le 18 mars 2021. Modeller est actuellement maintenu parBen Webb.