Le nom « Óbidos » est une dérivation latinisée (oppidum, citadelle) dérivé de l’ancien celte « Eburobricio ». La municipalité a eu sa croissance à partir d’un établissement romain près des contreforts d’un escarpement élevé. La région d’Óbidos, qui s’étend de l’Atlantique à l’intérieur de la province d’Estremadura le long des rivières et des lacs, est habitée depuis la fin du paléolithique. Un établissement a été construit par les premières tribus celtes, qui a ensuite été un centre de commerce pour les Phéniciens. Des preuves archéologiques provenant de la base de la tour médiévale (au sud de Facho) du château d’Óbidos indiquent une construction romaine liée à un avant-poste de la civitas romaine d’Eburobrittium, une grande zone urbaine qui fait l’objet de fouilles. Les sondages archéologiques ont déterminé les restes d’un forum, de thermes et d’autres structures romaines près de l’établissement.
Après la chute de Rome, la région est passée sous l’influence des Wisigoths, bien que des documents spécifiques manquent. La ville romaine d’Eburobrittium a été abandonnée au 5e siècle pour le sommet de la colline plus sûr où se trouve aujourd’hui le principal établissement. Quelque temps après 713, les Maures ont établi une fortification sur cette montagne, tandis qu’une communauté chrétienne de Mozarabes vivait dans le quartier de Moncharro.
La région a été reprise aux Maures par le premier roi du Portugal, Afonso Henriques, en 1148. La tradition veut qu’un chevalier, Gonçalo Mendes da Maia, soit responsable de la réussite de l’assaut du château maure. La reprise d’Óbidos a été la dernière étape de la conquête de la région de la province d’Estremadura, après les colonies de Santarém, Lisbonne et Torres Vedras. Après le contrôle de la région, le village a reçu son premier foral (charte) en 1195, sous le règne du roi Sancho I. En 1210, le roi Afonso II a donné le titre de ce village à la reine Urraca. Depuis lors, Óbidos a souvent été patronné par les reines du Portugal, ce qui a donné lieu à son titre informel de Vila das Rainhas (anglais : ville des reines) ; plusieurs consorts royaux ont enrichi le village de donations du Moyen Âge jusqu’au XVIe siècle.
Le château et les murs d’Óbidos ont été remodelés sous le règne du roi Dinis I. La structure en calcaire et en marbre a été renforcée et élaborée, tandis que le donjon a été créé au XIVe siècle, par le roi Fernando. À l’époque du premier projet de remodelage, l’agglomération s’était également développée au-delà des portes du château.
L’église Santa Maria d’Óbidos a été le cadre du mariage du roi Afonso V avec sa cousine, la princesse Isabella de Coimbra, le 15 août 1441, alors qu’ils étaient encore tous deux des enfants âgés respectivement de 9 et 10 ans. Les réformes administratives menées par le roi Manuel Ier à Óbidos en 1513, comprennent l’institution d’une charte officielle et une importante requalification de la zone urbaine.
Le tremblement de terre de 1755 a causé des dommages aux murs du village, à quelques églises et à de nombreux bâtiments, et a entraîné la perte d’une architecture d’inspiration arabe ou médiévale. De même, les guerres péninsulaires se sont déroulées dans les environs d’Óbidos, notamment la bataille de Roliça. Plus récemment, le village a été un centre de gouvernement et un lieu de rencontre pour les personnes impliquées dans la révolution des œillets de 1974, ce qui le lie à la révolte du mouvement des forces armées.