MODELLERia käytetään proteiinien kolmiulotteisten rakenteiden homologiseen tai vertailevaan mallintamiseen (1,2). MODELLER laskee automaattisesti mallin, joka sisältää kaikki muut kuin vetyatomit.MODELLER toteuttaa vertailevan proteiinirakennemallinnuksen täyttämällä spatiaaliset rajoitukset (3,4), ja se voi suorittaa monia muita tehtäviä, kuten proteiinirakenteiden silmukoiden de novo -mallinnuksen, proteiinirakenteiden erilaisten mallien optimoinnin joustavasti määritellyn kohdefunktion suhteen, proteiinisekvenssien ja/tai -rakenteiden moninkertaisen linjauksen, klusteroinnin, hakujen tekemisen sekvenssiaineistoista, proteiinien vertailun ym. MODELLER on ladattavissa useimpiin Unix/Linux-, Windows- ja Mac-järjestelmiin.

MODELLERiin on kaupallisesti saatavilla useita graafisia käyttöliittymiä. On myös monia muita resursseja ja ihmisiä, jotka käyttävät Modellereria graafisissa tai web-käyttöliittymissä tai muissa kehyksissä.

1. B. Webb, A. Sali. Comparative Protein Structure ModelingUsing Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54, John Wiley& Sons, Inc., 5.6.1-5.6.37, 2016.
2. M.A. Marti-Renom, A. Stuart, A. Fiser, R. Sánchez,F. Melo, A. Sali. Geenien ja genomien vertaileva proteiinirakennemallinnus.Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325, 2000.
3. A. Sali & T.L. Blundell.Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. J.Mol. Biol. 234, 779-815, 1993.
4. A. Fiser, R.K. Do, & A. Sali.Modeling of loops in protein structures, Protein Science 9. 1753-1773,2000.

Modellerin nykyinen versio on 10.1, joka julkaistiin18.3.2021. Modelleria ylläpitää tällä hetkelläBen Webb.