Seuraavat sairaudet voivat näyttää samankaltaisilta kuin Maffuccin oireyhtymä; ne voidaan kuitenkin yleensä erottaa toisistaan kliinisen tutkimuksen perusteella.

Ollierin tauti
Tämä on harvinainen luustohäiriö, jolle on ominaista luuston epänormaali kehittyminen ja enkondroomat, mutta jossa ei esiinny Maffuccin oireyhtymälle tyypillisiä ihon verisuonimuutoksia. Vaikka Ollierin tauti esiintyy jo syntymässä, se voi tulla ilmi vasta varhaislapsuudessa, kun luuston epämuodostumia tai raajan epänormaalia kasvua ilmenee. Ollierin tauti vaikuttaa ensisijaisesti käsien ja jalkojen pitkiin luihin ja nivelten rustoihin, erityisesti pitkien luiden varren ja pään kohdalla (metafyysi). Myös lantio on usein osallisena, ja harvemmin myös kylkiluut, rintaluu (sternum) ja kallo. Taudissa pitkien luiden rustosta kasvaa enkondroomia niin, että uloin kerros (kortikaalinen luu) muuttuu ohueksi ja hauraaksi. Murrosiän jälkeen nämä rustokasvaimet vakiintuvat, kun rusto korvautuu luulla. Nämä enkondroomat voivat degeneroitua pahanlaatuisiksi, mutta paljon harvemmin kuin Maffuccin oireyhtymässä. monilla potilailla todetaan somaattisia mutaatioita isositraattidehydrogenaasigeenissä, IDH1:ssä tai IDH2:ssa. Sairaus ei ole perinnöllinen. (Lisätietoja tästä häiriöstä saat valitsemalla hakusanaksi ”Ollier” harvinaisten sairauksien tietokannassa).

Blue Rubber Bleb Nevus Syndrome
Maffuccin oireyhtymän siniset verisuonimuutokset voidaan sekoittaa tähän harvinaiseen verisuonisairauteen, jolle on ominaista moninaiset, pehmeät, kohollaan olevat, siniset, sini-mustat tai purppuranpunaiset turvotukset (laskimoiden malformaatiot). Vauriot syntyvät ihossa ja sisäelimissä, erityisesti ruoansulatuskanavassa. Niitä esiintyy tyypillisesti käsissä ja jalkapohjissa, mutta niitä voi esiintyä myös missä tahansa muualla kehossa, kuten kasvoissa ja vartalossa sekä maksassa, keuhkoissa, pernassa, sappirakossa, munuaisissa ja luustolihaksissa. Nämä sisäiset vauriot voivat aiheuttaa vakavia komplikaatioita. Ruoansulatuskanavan verenvuoto johtaa yleensä krooniseen anemiaan, joka voi vaatia verensiirtoja. Syynä tiedetään olevan somaattinen mutaatio geenissä TIE 2 (TEK) (Jos haluat lisätietoja tästä sairaudesta, valitse hakusanaksi ”Blue Rubber Bleb Nevus” harvinaisten sairauksien tietokannassa).

Proteus-syndrooma
Tämä erittäin harvinainen sairaus voidaan sekoittaa Maffucci-oireyhtymään. Sille on ominaista cerebriformiset sidekudosnevat (”mokkasiinijalat”), epidermiset nevat, lipoomat ja suhteeton, armoton ja epäsymmetrinen luuston liikakasvu. Proteusta sairastavat potilaat ovat syntyessään pääosin normaaleja, nevoja lukuun ottamatta. Heillä voi olla myös kapillaarisia epämuodostumia ja laskimoiden epämuodostumia. Suurentuneet suonet aiheuttavat keuhkotromboembolian riskin, joka voi johtaa kuolemaan. Syynä on somaattinen AKT1-geenin aktivoiva mutaatio, joka esiintyy soluissa alkion varhaisvaiheessa. Se ei ole perinnöllinen. (Lisätietoja tästä häiriöstä saat valitsemalla hakusanaksi ”Proteus” Harvinaiset sairaudet -tietokannassa).

Alun perin Proteus-oireyhtymäksi diagnosoitujen potilaiden osajoukolla on toinen liikakasvuhäiriö CLOVES, joka johtuu geenin PIK3CA mutaatioista. (Lisätietoja tästä häiriöstä saat valitsemalla hakusanaksi ”CLOVES” harvinaisten sairauksien tietokannassa).