Oder nousee Goslarin kaupunginosassa Harz-vuoriston sydämessä. Sen lähde sijaitsee Brockenfeldin eteläosassa noin 1,3 km Achtermannshöhestä pohjoiseen. Joen alkulähdettä kutsutaan nimellä Odersprung eli ”Oderin hyppy.”

Odersprungin läheisyydessä sijaitsevalla Brockenfeldillä saavat alkunsa myös joet Abbe, Große Bode, Ecker ja Kalte Bode. Sen reunalla on muinainen Dreieckiger Pfahl -rajakivi.

Sen jälkeen, kun Oder kulkee Oderbrückissä itä-länsisuunnassa liittovaltatien B 4 alitse, se patoaa ensimmäisen kerran kylän länsipuolella Oderteichissä, jossa se kaartaa etelään. Muutaman kilometrin päässä alajuoksulla Oderin padon pato patoaa joen toisen kerran Oderin laakson sahalaitoksen (Odertaler Sägemühle) lounaispuolella. Tämän jälkeen joki virtaa Bad Lauterbergin läpi ja poistuu Harzista.

Bad Lauterbergissä Oder kääntyy länteen, kulkee Pöhlden ja Hattorf am Harzin läpi, ohittaa Rotenbergin harjanteen pohjoispuolella ja saavuttaa Wulftenin. Hattorfissa se kerää koillisesta tulevan Sieber-joen, ennen kuin se purkautuu Katlenburgissa idästä Rhumeen (Leinen sivujoki).

Scharzfeldin ja Katlenburgin välillä Oder virtaa Oderauen luonnonsuojelualueen halki.