Koska nokodatsoli vaikuttaa sytoskelettiin, sitä käytetään usein solubiologisissa kokeissa kontrollina: esimerkiksi jotkin dominoivan negatiiviset Rho-pienet GTPaasit aiheuttavat samanlaisen vaikutuksen kuin nokodatsoli, ja konstitutiivisesti aktivoituvat mutantit usein kumoavat tai mitätöivät vaikutuksen.

Solubiologian laboratorioissa nokodatsolia käytetään usein solun jakaantumissyklin synkronoimiseen. Nokodatsolilla käsitellyt solut pysähtyvät G2- tai M-vaiheen DNA-pitoisuudella, kun niitä analysoidaan virtaussytometrialla. Nokodatsolilla käsiteltyjen solujen mikroskopointi osoittaa, että ne pääsevät mitoosiin, mutta eivät pysty muodostamaan metafaasikierteitä, koska mikrotubulukset (joista kierteet koostuvat) eivät pysty polymerisoitumaan. Mikrotubulusten kiinnittymisen puuttuminen kinetokoreihin aktivoi karan kokoonpanon tarkistuspisteen, jolloin solu pysähtyy prometafaasiin. Solujen synkronointikokeissa käytetään yleensä nokodatsolia pitoisuutena 40-100 ng/ml elatusaineessa 12-18 tunnin ajan. Nokodatsolikäsittelyn aiheuttama solujen pitkittynyt pysähtyminen mitoosiin johtaa tyypillisesti solukuolemaan apoptoosin kautta.

Toinen nokodatsolin tavanomainen solubiologinen käyttökohde on Golgin minisäkkien muodostumisen aikaansaaminen eukaryoottisoluissa. Golgi-laitteen perinukleaarinen rakenteellinen järjestäytyminen eukaryooteissa on riippuvainen mikrotubulusten kulkeutumisesta, mutta Golgi-elementtien kulkeutumisen häiritseminen endoplasmisesta retikulumista käsittely nokodatsolilla (33 μM 3 tunnin ajan) indusoi lukuisien Golgi-elementtien muodostumisen ER:n ulostulokohtien viereen. Nämä toiminnalliset Golgin ministakit jäävät hajaantuneina ympäri solua, eivätkä kykene kulkemaan eteenpäin muodostaakseen perinukleaarisen Golgin, koska nokodatsoli on depolymerisoinut mikrotubulukset.

Käytetään myös Mad2p-proteiinin kanssa mikrotubulusten vastaisena lääkkeenä.