OntoBee AberOWL OLS NCBI

NCBITaxon-ontologia on automaattinen käännös NCBI:n taksonomiatietokannasta obo/owl-luokitukseksi.

Käännös käsittelee kutakin taksonia obo/owl-luokkana, jonka instansseja (useimpien ontologian haarojen osalta) olisivat yksittäiset organismit. Esimerkiksi:

'Craig Venter' instance_of NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)

Käännös toistaa uskollisesti kaiken lähdetietokannan sisällön, silloinkin kun se on ristiriidassa OBO-ohjeiden kanssa. Esimerkiksi:

• Juuriluokkaa kutsutaan nimellä ’root’ eikä esimerkiksi ’organism’
• Käytetään pluralistisia nimiä (sekä Linnaeus- että yleisnimiä). Esim. ”nisäkkäät”
• Tämän ontologian tiettyjen luokkien organismiudesta voidaan kiistellä – joko biologisesti (”virukset”) tai ontologisesti (”ympäristönäytteet”)
• Synonyymit voivat sisältää lainausmerkkejä osana tekstiä

PURLit

Tämän ontologian purlit ovat:

• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl (ontologian virallinen purl)
• http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.obo (obo-muotoinen versio)

PURL:ien tulee olla resolvoitavissa OntoBeessä. Esim.

• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606 (Homo sapiens)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7711 (Chordates)
• http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_7955 (Danio rerio)

Releases

ObOn/obon julkaisut tapahtuvat silloin, kun Continuous IntegrationJob on manuaalisesti käynnistetty. Tällä hetkellä tämä on tehtävä OBO:n ylläpitäjän toimesta. Tällä hetkellä ei ole kiinteää sykliä, ja tämä tehdään yleensä tilauksesta. Tätä epävirallisesti hoitava ryhmä on:

• James Overton, IEBD/OBO
• Frederic Bastian, BgeeDb/Uberon
• Chris Mungall, LBNL/GO/Monarch/Uberon/OBO
• Peter Midford, Phenoscape

Ota yhteyttä sähköpostilistaan (ks. alempana), jos haluatte kommentoida asiaa.

Laajennukset

GO käyttää NCBITaxonin laajennusta ryhmittelyyn. Katso:

• http://purl.obolibrary.org/obo/go/extensions/go-taxon-groupings.owl

Tämä ontologia sisältää uusia luokkia NCBITaxon_Union-nimiavaruudessa. Nämä luokat määritellään kaikki unionien avulla – esimerkiksi Prokaryote = Eubacteria OR Archae

Taksonirajoitukset

Yksi NCBITaxon-ontologian tärkeimmistä käyttökohteista on taksonirajoitusten määrittely monilajisessa ontologiassa. Katso tarkemmin:

• Waclaw Kusnierczyk (2008) Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology, Journal of Biomedical Informatics
• Deegan Née Clark, J. I., Dimmer, E. C., ja Mungall, C. J. (2010). Formalization of taxon-based constraints to detect inconsistencycies in annotation and ontology development. *BMC Bioinformatics 11, 530**
• Taxon constraints in OWL (blogikirjoitus)
• Taxon constraints in Uberon
• A Taxonomy for Immunologists ICBO 2013

Mailing Lists

• https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/obo-taxonomy
• http://groups.google.com/group/obo-taxonomy

Tracker

Huomaa, että tämä eroaa muista OBO-ontologioista siinä, että kyseessä on OBO:n ulkopuolella tuotetun tietokannan käännös. Jos haluat ehdottaa varsinaisia taksonomian muutoksia tietokantaan, ota yhteyttä NCBI:hen.

NCBI:n henkilökunta on hyvin reagoivaa ja avuliasta, kuten tämä Bgee-tiimin viesti osoittaa

Jos haluat ehdottaa muutoksia käännökseen, ota yhteyttä ylläpitäjään tai yllä olevalle sähköpostilistalle.

NCBITaxon-ontologian siteeraaminen

Kysy ennen siteeraamista itseltäsi, mikä on se artefakti, jota haluat siteerata:

• NCBI:n taksonomiatietokanta
• NCBI:n taksonomiatietokannan OBO/OWL-renderöinti

Viimeksi mainittu taksonomiatietokannan OBO/OWL-renderöinti

Viimeksi mainittu ontologiatietokannan OBO/OWL-rakenteinen versio on melko triviaali suomennos edellisestä. Jos millään tavalla siteeraat sisältöä, sinun pitäisi siteerata tietokantaa. Tällä hetkellä ajantasaisin viite on:

• Federhen, Scott. NCBI:n taksonomiatietokanta. Nucleic acids research 40.D1 (2012): D136-D143. http://nar.oxfordjournals.org/content/40/D1/D136.short

Jos haluat erityisesti siteerata OBO/OWL-käännöstä, käytä tämän sivun URL-osoitetta