Yhdysvaltojen kansanterveyslaitos perusti vuonna 1931 hammashygieniayksikön National Institutes of Healthiin. Ensimmäiseksi hammaslääketieteelliseksi tutkijaksi nimitetty tohtori H. Trendley Dean tutki yhteisöjä, joissa esiintyi pilkullisena kiilteenä tunnettu suusairaus. Sen jälkeen kun Grand Rapidsissa, Michiganissa, oli toteutettu veden fluorausta koskeva kokeilu, presidentti Harry S. Truman perusti 24. kesäkuuta 1948 kansallisen hammaslääketieteellisen tutkimuslaitoksen (National Institute of Dental Research, NIDR). Ensimmäiset hammaslääketieteellistä tutkimusta tukevat apurahat ja apurahat myönnettiin seuraavana vuonna.
Pyrkiessään laajentamaan NIDR:ää presidentti Dwight D. Eisenhower hyväksyi vuonna 1958 suunnitelmat instituutin rakennuksen rahoittamiseksi. Kansallinen hammaslääketieteellinen tutkimuslaitos perusti myös biokemian laboratorion edistämään eri proteiinien rakennetta ja toimintaa koskevaa tutkimusta. Laajentamisen jatkamiseksi vuonna 1967 hyväksyttiin avustus useiden hammaslääketieteellisten tutkimuslaitosten kehittämiseksi eri yliopistoissa. Tällä ohjelmalla toivottiin perustettavan tutkimus- ja koulutusympäristöjä sekä edistettävän monitieteellisiä lähestymistapoja suusairauksien torjuntaan.
Biokemian laboratorion lisäksi vuosina 1974 ja 1975 perustettiin muitakin laboratorioita. Nämä äskettäin perustetut laboratoriot keskittyivät suun lääketieteen sekä mikrobiologian ja immunologian aloille. Toinen pyrkimys tutkimuksen laajentamiseksi toteutettiin vuosikymmen myöhemmin. Dentist Scientist Award Program -ohjelmalla pyrittiin tarjoamaan hammaslääkäreille mahdollisuuksia ja kannustimia itsenäiseen tutkimukseen suun terveyden alalla.
Vuonna 1986 NIDR sai valmiiksi laajimman amerikkalaisten aikuisten hammasterveyttä koskevan tutkimuksen. Tämä tutkimus oli ensimmäinen, jossa tutkittiin suun terveyden sairauksia laajassa ja yksityiskohtaisessa mittakaavassa. Tämän tutkimuksen jälkeen vuonna 1993 perustettiin National Oral Health Information Clearinghouse. Tämän tietokannan tarkoituksena on tarjota terveydenhuollon ammattilaisille, potilaille ja suurelle yleisölle suun terveyttä koskevia resursseja. Jatkaessaan tehtäväänsä jakaa tärkeää terveystietoa NIDR avasi virallisen verkkosivustonsa vuonna 1996.
50-vuotisjuhlavuotensa jälkeen NIDR muutti nimensä kansalliseksi hammaslääketieteellisen ja kraniofakiaalisen tutkimuksen instituutiksi (National Institute of Dental and Craniofacial Research, NIDCR).
Vuonna 2001 NIDCR julkisti uudistetun suunnitelmansa, jonka tarkoituksena on poistaa suun terveyteen liittyvät erot eri puolilla Yhdysvaltoja. Instituutti seurasi tätä suunnitelmaa perustamalla viisi uutta tutkimuskeskusta suun terveyserojen vähentämiseksi.
Kymmenen vuotta myöhemmin Martha J. Somerman nimitettiin NIDCR:n kahdeksanneksi johtajaksi. NIDCR pyrkii perustutkimusta ja tutkijoiden kehittämistä vaalimalla edistämään terveyttä, ehkäisemään sairauksia ja vaivoja sekä kehittämään uusia diagnostiikka- ja hoitomuotoja.