Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD, aiemmin Not Another Molecular Dynamics Program) on molekyylidynamiikkasimulointiin tarkoitettu tietokoneohjelmisto, joka on kirjoitettu käyttäen Charm++-rinnakkaisohjelmointimallia. Se on tunnettu rinnakkaistehokkuudestaan, ja sitä käytetään usein suurten systeemien (miljoonia atomeja) simulointiin. Se on kehitetty Illinoisin yliopiston Urbana-Champaignin teoreettisen ja laskennallisen biofysiikan ryhmän (Theoretical and Computational Biophysics Group, TCB) ja rinnakkaisohjelmointilaboratorion (Parallel Programming Laboratory, PPL) yhteistyönä.
Illinoisin yliopisto Urbana-Champaignissa: Theoretical and Computational Biophysics Group (TCB), Parallel Programming Laboratory (PPL)
1995; 26 vuotta sitten
C++:lla
Ristiinajoitettu:
x86: Windows, Linux, macOS, Unix
x86, x86-64
English
Molecular dynamics simulation
Proprietary, freeware for noncommercial use
www.ks.uiuc.edu/Research/namd
Nelson et al. esittelivät sen vuonna 1995 rinnakkaisena molekyylidynamiikkakoodina, joka mahdollistaa interaktiivisen simuloinnin linkittämällä sen visualisointikoodiin VMD. NAMD on sittemmin kypsynyt, lisännyt monia ominaisuuksia ja skaalautunut yli 500 000 prosessoriydintä.
NAMD:llä on rajapinta kvanttikemian ORCA- ja MOPAC-paketteihin sekä skriptirajapinta moniin muihin kvanttipaketteihin. Yhdessä Visual Molecular Dynamicsin (VMD) ja QwikMD:n kanssa NAMD:n rajapinta tarjoaa pääsyn QM/MM-hybridisimulointeihin integroidussa, kattavassa, muokattavassa ja helppokäyttöisessä paketissa.
NAMD on saatavana freeware-ohjelmana yksityishenkilöiden, akateemisten laitosten ja yritysten ei-kaupalliseen käyttöön sekä yritysten sisäiseen liiketoimintakäyttöön.