Vaikka suurin osa My Brain Hurtsin kappaleista oli Weaselin säveltämiä, kuten bändin aiempienkin albumien materiaali, hän alkoi myös tehdä enemmän yhteistyötä Vapidin ja vähemmän Jugheadin kanssa. Ainoa albumin kappale, jossa Jughead mainitaan kanssasäveltäjänä, on ”Fathead”, jonka alkuperäinen versio ilmestyi aiemmin Punkhouse EP:llä. Jälkikäteen Weasel kutsuisi Vapidia ”ainoaksi ihmiseksi, jonka kanssa tunsin oloni mukavaksi kirjoittaessani kappaleita.”
Vapid oli alunperin kirjoittanut ”Guest List” -kappaleen kitarasoolon Sludgeworthin kappaleeseen, mutta se ”ei vain toiminut”, kun taas kertosäe ”ponnahti päähäni”, kun hän ajoi Roscoe Villagen läpi North Centerissä Chicagossa vähän ennen kuin bändi lähti nauhoittamaan albumia. Matkan aikana Olympiaan, Washingtoniin, Vapid näytti kirjoittamansa kappaleen Weaselille, joka yhdisti pää- ja kertosäeidean yhdeksi kappaleeksi. Weasel myös nosti leadia oktaavin verran ylöspäin, mikä oli kuulemma ”hattuvinkki paikallisille sankareille Naked Raygunille”. Weasel kirjoitti suurimman osan kappaleen sanoituksista, mutta sanoi, että ”’Now I get to watch her dance like the other weirdos do’ oli repliikki, joka olisi voinut tulla vain Vapidilta.”
Vapidin mukaan ”Veronica Hates Me” lähti liikkeelle leikittelynä Material Issue -kappaleesta ”Valerie Loves Me”. ”Siihen aikaan taisimme kantaa pahaa mieltä heidän laulajaansa Jim Ellisonia kohtaan, koska hän oli huijannut meitä eräällä keikalla, jota hän promotoi”, Vapid totesi. Kappaletta kirjoittaessaan Weasel sanoi ”yrittäneensä ottaa vanhan rock ’n’ rollin käyttämät ja Ramonesin päivittämät standardisoinnut ja vääntää niitä hieman”. Weasel totesi, että kun hän aloitti kappaleen kirjoittamisen, hän teki säännön, jonka mukaan hän ei ”menisi niiden neljän vakiosoinnun ulkopuolelle, joita käytetään tuon tyylisissä kappaleissa”. ”Tauolla käytin perinteistä sovitusta antaakseni kuulijalle sen, mitä oletin heidän haluavan sen jälkeen, kun olin sinnitellyt suurimman osan kappaleesta”, hän sanoi. Huolimatta siitä, että kappale ei ole kirjoitettu yhdessä Vapidin kanssa, Weasel sanoi kirjoittaneensa kappaleen ”häntä silmällä pitäen” ja selitti, että ”jotkut parhaista kappaleistani tältä ajalta tulivat yksinomaan halustani kirjoittaa kappaleita, jotka tekisivät häneen vaikutuksen.”
Weasel on todennut, että hänellä ”oli hauskaa sovittaessaan ’I Can See Clearly’-biisiä”, ja myönsi, että ”se oli ensimmäinen kerta, kun tein kunnon sovituksen jonkun toisen kappaleesta, ja olin hyvin tyytyväinen tulokseen”. Yhtyeen sovitus ei kuitenkaan sisältänyt alkuperäisen kappaleen siltaa. ”Meidän versiomme ei oikeastaan ansainnut siltaa, joten korvasin sen alkukitaran lyijyllä, joka sitten vaihtui melodiseksi lyijyksi neljän viimeisen tahdin ajan”, Weasel kertoi.
”The Science of Myth” sai osittain inspiraationsa vuonna 1988 ilmestyneestä PBS:n dokumenttielokuvasta Joseph Campbell and the Power of Myth. Weasel totesi, että hän ”kiinnostui henkisten uskomusten soveltamisesta” sen katsomisen jälkeen ja yritti kirjoittaa ja sovittaa kappaleen tyylillä, ”jota suosivat sellaiset punkbändit, jotka tyypillisesti kirjoittavat uskonnonvastaisia kappaleita”. Hän sai inspiraationsa myös The Mr. T Experience -yhtyeen kappaleesta ”The History of the Concept of the Soul” ja sanoi ”halunneensa yrittää tehdä jotain samanlaista kirjoittamalla jotain, joka näyttäisi esseen Cliff’s Notes -versiolta ja saisi sen virtaamaan sen sijaan, että olisi kirjoittanut sen tavanomaisen rocklyriikan tapaan”. Alunperin Weasel keskusteli siitä, ettei kappaletta laiteta levylle, koska se vaikutti ”hieman sopimattomalta”, mutta päätti myöhemmin sisällyttää sen mukaan, kun se oli äänitetty.