Noin 2000 täysin sekvensoitua mitokondrioiden genomia on saatavilla NCBI:n RefSeq-tietokannasta yhdessä niiden proteiineja koodaavien geenien, rRNA:iden ja tRNA:iden manuaalisesti kuratoitujen merkintöjen kanssa. Nämä kahden vuosikymmenen aikana kertyneet annotaatiotiedot on saatu erilaisilla laskennallisilla työkaluilla ja annotaatiostrategioilla. Kaikista manuaalisen kuratoinnin ponnisteluista huolimatta sitä vaivaavat edelleen lukusuuntien virheelliset määritykset, virheelliset geenien nimet ja puuttuvat sekä väärät positiiviset annotaatiot erityisesti RNA-geenien osalta. Yhdessä tämä aiheuttaa huomattavia ongelmia täysin automaattisille putkistoille, joilla pyritään käyttämään näitä tietoja kattavasti eläinten fylogenetiikan ja mitogenomien molekulaarisen evoluution tutkimiseen. MITOS-putki on suunniteltu laskemaan johdonmukainen de novo -annotaatio mitogenomisekvensseistä. Osoitamme, että MITOSin tulokset vastaavat RefSeqin ja MitoZoan tuloksia annotaation kattavuuden ja laadun suhteen. Samalla vältämme manuaalisista kuratointistrategioista johtuvat vääristymät, nimikkeistön epäjohdonmukaisuudet ja kirjoitusvirheet. MITOS-putki on saatavilla verkossa osoitteessa http://mitos.bioinf.uni-leipzig.de.

.

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.