Mississippijokikomissio perustettiin vuonna 1879 helpottamaan Mississippijoen parantamista sen suun lähellä sijaitsevasta Head of Passesista sen latvoille. Komission julkilausuttuna tehtävänä oli kehittää ja toteuttaa suunnitelmia Mississippi-joen väylän korjaamiseksi, pysyväksi paikantamiseksi ja syventämiseksi, merenkulun turvallisuuden ja helppouden parantamiseksi, tuhoisien tulvien ehkäisemiseksi sekä kaupan, kaupankäynnin ja postipalvelun edistämiseksi ja helpottamiseksi.
Lähes puolen vuosisadan ajan MRC toimi toimeenpanevana elimenä, joka raportoi suoraan Yhdysvaltain sotaministerille. Vuoden 1927 suuri Mississipin tulva muutti MRC:n tehtävän. Vuoden 1928 tulvantorjuntalailla (Flood Control Act of 1928) perustettiin Mississippi-joen ja sivujokien hanke (MR&T). Laissa vastuu Mississippi River and Tributaries Projectin (MR&T) kehittämisestä ja toteuttamisesta annettiin Mississippi River Commissionille. MR&T-hankkeessa määrätään Mississippi-joen tulvien hallinnasta Head of Passesista Cape Girardeaun läheisyyteen Missourissa, Mississippi-joen sivujokien ja lasku-uomien tulvien hallinnasta, kun Mississippi-joen selkävedet vaikuttavat niihin, sekä Mississippi-joen laivaliikenteen parantamisesta Baton Rougesta, Louisianasta Cairoon, Illinoisiin. Tähän sisältyy tiettyjen satamien parantaminen sekä Old- ja Atchafalaya-jokien navigoinnin parantaminen Mississippi-joelta Morgan Cityyn, Louisianaan.
Se sisältää myös Mississippi-joen rantojen vakauttamisen Head of Passesista Cairoon, Illinoisin osavaltioon, ympäristöresurssien säilyttämisen, ennallistamisen ja parantamisen, mukaan lukien, mutta ei rajoittuen, toimenpiteet kalojen ja villieläinten hyväksi, vesivarojen lisääminen, virkistyskäyttö, kulttuuriresurssit ja muut asiaan liittyvät vesivarojen kehittämisohjelmat sekä puolivuosittaiset tarkastusmatkat joen olosuhteiden tarkkailemiseksi ja koordinoinnin helpottamiseksi paikallisten eturyhmien kanssa hankkeiden täytäntöönpanossa. Tarkastukset ja kuulemistilaisuudet on järjestetty yli vuosisadan ajan M/V Mississippillä ja sen edeltäjillä.
Komissiossa on seitsemän jäsentä. Mississippi-jokikomission nykyinen puheenjohtaja on Yhdysvaltain armeijan insinöörijoukkojen kenraalimajuri Kaiser. Tehtävää hoitavat Yhdysvaltain armeijan insinöörien Mississippi Valleyn divisioonan piirit St. Paulissa, Rock Islandissa, St. Louisissa, Memphisissä, Vicksburgissa ja New Orleansissa.
Toiminnan päämaja on Vicksburgin historiallisessa keskustassa Mississippi-joen komission rakennuksessa.