Mariinski-baletti perustettiin 1740-luvulla ensimmäisen venäläisen tanssikoulun perustamisen jälkeen vuonna 1738.

Keisarillinen teatterikoulu, kuten sitä alun perin kutsuttiin, perustettiin 4. toukokuuta 1738 Pietarin Talvipalatsiin. Siitä tulisi nykyisen Vaganovan balettiakatemian edeltäjä. Koulun perustajajohtaja oli ranskalainen balettimestari ja -opettaja Jean-Baptiste Landé, ja koulun perustamisen tarkoituksena oli kouluttaa nuoria tanssijoita ensimmäisen venäläisen balettiseuran perustamiseksi. Ensimmäiseen oppilasryhmään kuului kaksitoista poikaa ja kaksitoista tyttöä, jotka myöhemmin muodostivat nykyisen Mariinski-baletin edeltäjän.

Balettiyhtyeen perustamisvuosista on olemassa hyvin vähän tietoa, mutta tiedetään, että sekä koulu että balettiyhtye liitettiin toisiinsa nimellä Keisarillinen balettikoulu ja Keisarillinen Venäläinen baletti, nimiä, joita käytettiin keisarillisen vallan lakkauttamiseen asti. 1700-luvun lopulla ja 1800-luvun alussa Keisarillinen venäläinen baletti nousi pian maineeseen, ja se työllisti joitakin balettihistorian vaikutusvaltaisimpia ja kuuluisimpia nimiä, kuten Charles Didelot, Marie Taglioni, Christian Johansson, Enrico Cecchetti, Jules Perrot, Fanny Cerrito ja Carlotta Grisi.

Keisarillisen venäläisen baletin nimellä yhtiö on tunnetuin maineikkaan koreografin Marius Petipan lukuisten balettien kantaesityksestä. Hän loi monet kuuluisimmista teoksistaan ollessaan balettimestarina ja komppanian johtajana 1800-luvun puolivälissä ja lopulla. Monet hänen baleteistaan muodostavat nykyään perinteisen klassisen balettirepertuaarin perustan, jota balettiryhmät esittävät eri puolilla maailmaa ja jossa on usein säilytetty suuri osa Petipan koreografiasta. Näihin baletteihin kuuluvat Pähkinänsärkijän, Ruususen, Don Quijoten, La Bayadèren ja Raymondan alkuperäisproduktiot sekä vanhojen balettien, kuten Coppélian, Gisellen ja Le Corsairen, suositut uusinnat. Petipan Joutsenlampi on ehkä hänen tunnetuin balettinsa. Alun perin Julius Reisingerin Bolšoi-teatterille vuonna 1877 koreografioima Joutsenlampi oli aluksi kriittinen ja kaupallinen epäonnistuminen. Petipa pyrki elvyttämään baletin Pjotr Iljitš Tšaikovskin siunauksella, mutta säveltäjä kuoli ennen uuden baletin valmistumista. Petipa työskenteli tämän vuoksi veljensä Modest Tšaikovskin kanssa, joka tarkisti tarinaa merkittävästi ja kirjoitti libreton uudelleen nykyisin yleisesti esitettäväksi versioksi. Lavastuksen koreografiasta vastasivat Petipa ja hänen yhteistyökumppaninsa Lev Ivanov. Mariinski-teatterissa vuonna 1895 ensi-iltansa saanut Petipa/Ivanov/Tšaikovski -produktio Joutsenlampi oli suuri menestys, ja sitä pidetään nykyään kaikkien aikojen kuuluisimpana balettina. Lähes kaikki myöhemmät Joutsenlammen esitykset perustuvat tähän vuoden 1895 tuotantoon.

Venäjän vallankumouksen jälkeen neuvostohallitus päätti, että balettikoulu ja balettiseurueet olivat ei-toivottuja symboleja tsaarihallinnolle, ja se lakkautti molemmat. Balettiseurue perustettiin ensimmäisenä uudelleen, ja se tunnettiin nimellä Neuvostobaletti, ja koulu avattiin myöhemmin uudelleen Leningradin valtion koreografikouluna, ja molemmat pysyivät entisillä paikoillaan.

Neuvostoliiton merkkihenkilön Sergei Kirovin murhan jälkeen vuonna 1934 Neuvostobaletti nimettiin uudelleen Kirovin baletiksi, ja tätä nimeä käytetään vieläkin joskus virheellisesti. Kommunistihallinnon päättymisen jälkeen baletti ja ooppera nimettiin uudelleen teatterin mukaan, ja niistä tuli Mariinski-baletti ja Mariinski-ooppera. Molempia yhtiöitä johtaa nykyään teatteri itse.

Kaikkien näiden muutosten jälkeen nykyinen Mariinski-baletti on edelleen sidoksissa kouluun, joka on nykyään Vaganova Ballet Academy.