Vuonna 1289 jaavalainen kuningas Kertanagara pahoinpiteli Kublai Khanin lähettilästä, joka oli lähetetty vaatimaan kuninkaan alistumista. Mongolien keisari järjesti rangaistusretken vuonna 1292, mutta Kertanagaran tappoi Kadiri-kapinallinen Jayakatwang ennen hyökkääjien maihinnousua. Jayakatwangin kukisti nopeasti Kertanagaran vävy, joka tunnettiin myöhemmin nimellä Kertarajasa, joka käytti mongoleja hyväkseen ja pakotti ne sitten vetäytymään sekaisin. Valtakunnan pääkaupunki siirrettiin Majapahitiin. Joidenkin vuosien ajan uusi hallitsija ja hänen poikansa, jotka pitivät itseään Kertanagaran seuraajina, joutuivat tukahduttamaan kapinoita Jaavalla; vasta vuonna 1319 Majapahitin valta vakiintui lujasti Jaavalle maineikkaan sotilaan Gajah Madan avustuksella. Gajah Mada oli Kertanagaran tyttären Tribhuvanan valtakaudella (n. 1328-50) valtion ylin virkamies, ja näinä vuosina jaavalaisten vaikutusvalta palautui Balilla, Sumatralla ja Borneolla. Kertanagaran lapsenlapsenlapsenlapsi Hayam Wurukista tuli kuningas vuonna 1350 nimellä Rajasanagara.

Hayam Wurukin valtakausi (1350-89) muistetaan saaristossa Javanan historian loistokkaimpana ajanjaksona. Prapanchan runo Nagarakertagama tarjoaa harvinaisen katsauksen valtakuntaan 1300-luvun näkökulmasta. Runo, jonka alkuperäinen nimi on Desa warnana (”Maan kuvaus”), kuvaa itseään ”kirjalliseksi temppeliksi” ja pyrkii osoittamaan, miten kuninkaallinen jumaluus läpäisee maailman, puhdistaa sen epäpuhtauksista ja mahdollistaa sen, että kaikki voivat täyttää velvoitteensa jumalille ja siten pyhälle maalle – nyt jakamattomalle Jaavan kuningaskunnalle. Runo muistuttaa pikemminkin jumalanpalvelusta kuin aikakirjaa. Runoilija ei salaa aikomustaan palvoa kuningasta, ja jaavanilaisen runouden perinteen mukaisesti hän on saattanut aloittaa runon hurskaan mietiskelyn innoittamana, jonka tarkoituksena oli saattaa hänet kosketuksiin kuninkaan ruumiillistaman jumaluuden kanssa.

Hayam Wurukin hallinnon ydinalueet olivat todennäköisesti huomattavasti laajemmat kuin hänen edeltäjiensä. Tärkeitä aluehallitsijoita, jotka olivat avioliiton kautta sidoksissa kuninkaalliseen perheeseen, saatiin valvonnan piiriin sisällyttämällä heidät hovin hallintoon. Vaikka kuninkaallisten uskonnollisten säätiöiden verkosto keskittyi pääkaupunkiin, jää epäselväksi, otettiinko käyttöön keskitetympi ja pysyvämpi hallintorakenne vai riippuivatko valtakunnan yhtenäisyys ja hallitsijan auktoriteetti edelleen hallitsijan henkilökohtaisesta arvovallasta. Prapancha ei ainakaan kirjoittanut Hayam Wurukille epärealistista arvovaltaa, vaikka hänen runonsa onkin peittelemätön esitys kuninkaallisen jumaluuden ominaisuuksista ja jumalallisen vallan vaikutuksista Jaavalla. Matkoillaan ympäri valtakuntaa alemmat virkamiehet vakuuttivat kuninkaallista auktoriteettia muun muassa veroihin ja uskonnollisten säätiöiden valvontaan liittyvissä asioissa. Merkkinä kuninkaan arvovallasta oli hänen päätöksensä ryhtyä maanmittaukseen varmistaakseen, että hänen alamaisensa etuoikeudet säilyivät. Koska kehittynyttä hallintojärjestelmää ei ollut, hallituksen auktoriteettia vahvisti sen edustajien kaikkialle ulottuva läsnäolo, eikä kukaan näyttänyt ankarampaa esimerkkiä kuin kuningas itse. Prapanchan mukaan ”prinssi ei ollut pitkään kuninkaallisessa residenssissä”, ja suuri osa runosta on kertomus kuninkaallisista edistysaskelista. Tällä tavoin Hayam Wuruk pystyi vakiinnuttamaan vaikutusvaltansa levottomilla alueilla, pakottamaan alueellisten herrojen kunnianosoitukset, rauhoittamaan kylien vanhimpia vierailuillaan, tarkistamaan maaoikeudet, keräämään kunnianosoituksia, vierailemaan maaseudulla pyhien miesten luona oman henkisen valaistumisensa vuoksi ja palvomaan mahaijanan, shaiivin ja muinaisen jaavanilaisen kansan pyhissä paikoissa. Hänen väsymätön matkustelunsa merkitsi ainakin valtakautensa alkuvuosina sitä, että monet hänen alamaisensa saivat tilaisuuden tulla sellaisen henkilön läsnäoloon, jota he pitivät jumaluuden ruumiillistumana.

Yksi Nagarakertagaman mielenkiintoisimmista kohdista koskee vuosittaista uudenvuoden seremoniaa, jolloin kuninkaan puhdistavia voimia vahvistettiin jakamalla pyhää vettä. Seremonia, johon osallistui oppineita intialaisia vieraita, antoi runoilijalle mahdollisuuden väittää, että ainoat kuuluisat maat olivat Jaava ja Intia, koska molemmissa oli paljon uskonnollisia asiantuntijoita. Missään vaiheessa vuotta kuninkaan uskonnollinen rooli ei tunnustettu painokkaammin kuin uudenvuoden aikaan, jolloin valtakunnan merkkihenkilöt, vasallien lähettiläät ja kyläpäälliköt kävivät Majapahitissa osoittamassa kunnioitusta ja saivat muistutuksen velvollisuuksistaan. Seremonia päättyi vierailijoille suunnattuihin puheisiin rauhan säilyttämisen ja riisipeltojen hoidon tarpeesta. Kuningas selitti, että vain silloin, kun maaseutu tuki pääkaupunkia, se oli turvassa ”vieraiden saarten” hyökkäyksiltä.”

Koska runossa kunnioitetaan kuningasta, ei ole yllättävää, että yli 80 paikkaa saaristossa kuvataan vasallialueiksi ja että mantereen kuningaskuntien, Vietnamia lukuun ottamatta, sanotaan olevan kuninkaan suojeluksessa. Prapancha, joka uskoi, että kuninkaan kunnia ulottui kaikkiin suuntiin, hahmotteli yksityiskohtaisesti, mitä hän piti merkityksellisen tilan rajoina. Sumatralla mainitaan peräti 25 paikkaa, ja Molukit, joiden mausteet ja muut tuotteet olivat kuninkaan rikkauksien lähde, ovat hyvin edustettuina. Sen sijaan Pohjois-Celebesia (Sulawesi) ja Filippiinejä ei mainita.

Hayam Wurukin elinaikana jaavalaisten arvostus ulkomailla oli epäilemättä huomattava, vaikka kuningas vaati tärkeimmiltä vasalleiltaan, kuten Sumatralla sijaitsevan Malayun hallitsijalta, vain kunnianosoitusta ja veroa. Vuonna 1377, kun Malayun uusi hallitsija uskalsi hakea virkaansa Ming-dynastian perustajalta Kiinassa, Hayam Wurukin lähettiläät Nankingissa vakuuttivat keisarin siitä, että Malayu ei ollut itsenäinen valtio. Jaavan vaikutusvalta saaristossa riippui kuitenkin hallitsijan arvovallasta itse Jaavalla. Kun Hayam Wuruk kuoli vuonna 1389, Palembangin hallitsija Kaakkois-Sumatralla näki tilaisuuden luopua hänen vasalliasemastaan. Hän oli huomannut, että Ming-dynastia oli palauttanut kauan sitten hylätyn tribuuttijärjestelmän ja kieltänyt kiinalaisten matkat Kaakkois-Aasiaan, ja arveli, että ulkomaiset kauppiaat tarvitsisivat Länsi-Indonesiassa jälleen samanlaisia kauppapaikkoja, joita Srivijaya-Palembang oli tarjonnut vuosisatoja aiemmin. Hän saattoi jopa ilmoittaa olevansa bodhisattva ja Srivijayan maharadžojen perillinen. Javanilaiset karkottivat hänet Palembangista, ja hän pakeni Singaporeen ja sitten Malakan saarelle Malaijin niemimaalle.