John Cotton, (s. 4.12.1585, Derby, Derbyshire, Englanti – k. 23.12.1652, Boston, Massachusetts. ), vaikutusvaltainen uusenglantilainen puritaanijohtaja, joka toimi pääasiassa Bostonin ensimmäisen kirkon ”opettajana” (1633-52) paettuaan Englannin kirkon nonkonformisteihin kohdistamaa vainoa.
Kouluttautui Trinity Collegessa Cambridgessa, ja Cottonista tuli Lincolnshiren Bostonissa sijaitsevan St. Botolph’sin seurakunnan kirkkoherra vuonna 1612, ja hän pysyi tässä virassa 21 vuotta. Tänä aikana hänen näkemyksensä muuttuivat vähitellen puritaanisemmiksi, ja hän lakkasi noudattamasta tiettyjä anglikaanisia uskonnollisia rituaaleja hoitaessaan tehtäviään. Vuonna 1632 häntä vastaan ryhdyttiin oikeustoimiin hänen nonkonformisminsa vuoksi, ja heinäkuussa 1633 hän muutti Massachusettsin lahden siirtokuntaan, jossa hänestä tuli Bostonin ensimmäisen kirkon ”opettaja”, jossa hän toimi kuolemaansa asti. Hänen suosionsa siirtokunnassa oli rajaton, ja hänen vaikutusvaltansa sekä siviili- että kirkollisissa asioissa oli luultavasti suurempi kuin kenenkään muun papin vaikutusvalta teokraattisessa Uudessa-Englannissa.
Cotton kirjoitti useita teoksia, jotka muodostavat korvaamattoman arvokkaan selvityksen Uuden-Englannin kongregaationismista, muun muassa teokset The Way of the Churches of Christ in New England (1645) ja Tie kongregaationaalisten kirkkojen tiestä selvitetty (1648). Hänen kirjoittamaansa katekismusta Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646) käytettiin laajalti monta vuotta Uudessa Englannissa lasten uskonnonopetuksessa.
Katekismusta, Milk for Babes, Drawn out of the Breasts of Both Testaments (1646), käytettiin laajalti lasten uskonnonopetuksessa.