Malcolm X nousi nopeasti Elijah Muhammadin johtamassa uskonnollisessa Nation of Islam -järjestössä. Hän kiersi maata pappina ja tiedottajana, perusti uusia moskeijoita ja käsitteli kansalaislevottomuuksia hänelle ominaisella intohimolla ja selväsanaisella ilmaisulla, mikä houkutteli ennätysmäärän uusia käännynnäisiä. Tänä elämänvaiheena hän meni naimisiin Betty X:n (ent. Sanders) kanssa Lansingissa, Michelin osavaltiossa vuonna 1958.
Vaikka hänen sanomaansa pidettiin radikaalina ja kiihkoilevana, hän kannatti aktiivisesti moraalista, henkistä ja hengellistä puhtautta keinona vapauttaa kansansa sorrosta.
Kun Malcolm X sai selville, että Elijah Muhammadilla oli salaa suhteita naispuolisiin seuraajiin ja että hän oli isä useille lapsille, hän petti Nation of Islamin johtajan suhteen.
Tekopyhyydestä järkyttyneenä Malcolm X jätti NOI:n ja perusti oman järjestönsä Muslim Mosque, Inc. maaliskuussa 1964. Samana vuonna hän teki uskonnollisen pyhiinvaellusmatkan Mekkaan; matka vaikutti aktivistiin syvästi ja sai hänet muuttamaan nimensä el-Hajj Malik el-Shabazziksi ja arvioimaan uskomuksiaan uudelleen.
Hän kirjoitti kirjeessään: ”Minulta kysyttiin, mikä Hajjissa oli tehnyt minuun suurimman vaikutuksen. … Sanoin: ’Veljeys! Ihmiset kaikista roduista, ihonväristä, kaikkialta maailmasta, jotka kokoontuivat yhteen!’ Se on osoittanut minulle yhden Jumalan voiman. … Kaikki söivät yhdessä ja nukkuivat yhdessä. Kaikki pyhiinvaelluksen ilmapiirissä korosti ihmisen ykseyttä Yhden Jumalan alla.”