Tietoa HMS:n LINCS-keskuksesta

Harvard Medical Schoolin (HMS) LINCS-keskusta rahoitetaan NIH:n myöntämällä apurahalla U54 HL127365, ja se on osa NIH:n integroitujen verkostopohjaisten solusignatuurien kirjastoa (Library of Integrated Network-based Cellular Signatures, LINCS). Ohjelman yleistavoitteena on kerätä ja levittää tietoja ja analyysivälineitä, joita tarvitaan ymmärtämään, miten ihmissolut reagoivat lääkkeiden, ympäristön ja mutaation aiheuttamiin häiriöihin. Lisätietoja LINCS-ohjelmasta ja muista ohjelmaan osallistuvista keskuksista on saatavissa ohjelman verkkosivuilta.

HMS:n LINCS-keskuksen tavoitteena on selvittää solujen häiriövasteen perusperiaatteet, mukaan lukien annoksen ja vasteen välinen suhde, solujen välisen vaihtelun alkuperä ja merkitys sekä lääkeherkkyyden ja -resistenssin molekyyliperusta. HMS:ssä tuotettuihin tietoihin kuuluu moninkertaisia biokemiallisia, proteomisia ja kuvantamiskokeita, joiden levittämisstandardit ovat puutteellisesti kehitettyjä; näiden standardien parantaminen ja kaikkien tietojen, algoritmien ja johtopäätösten vapauttaminen muistiinpanovihkoistamme ja papereistamme on keskuksen keskeinen tavoite. Keskus kehittää myös uusia algoritmeja monimutkaisten perturbageeni-vaste-tietoaineistojen laajamittaiseen analysointiin, jotka ovat saatavilla räätälöityjen hankkeiden yhteenvetosivujen kautta. Julkaisemme yleensä vähintään yhden biologisen analyysin kustakin tietokokonaisuudesta, mutta näissä papereissa kuvataan vain yksi monista tietojen käyttökohteista. Kannustamme käyttäjiä tutkimaan primääridataa omien ideoidensa ja algoritmiensa pohjalta.

Määritykset

Keskitymme biokemiallisiin ja solupohjaisiin määrityksiin i) pienimolekyylisistä kinaasi-inhibiittoreista, jotka ovat johtava terapeuttisten aineiden luokka syövän, autoimmuunisairauksien ja muiden sairauksien hoidossa; ii) epigenomin muuntajista, kuten bromodomeeni- ja HDAC-inhibiittoreista; ja iii) luonnossa esiintyvistä ligandeista, kuten kasvutekijöistä ja tulehdussytokiineista. Kaiken kaikkiaan profiloimme ~100 solulinjan ja primaaristen solutyyppien reaktioita ~400 perturbageenille annoksen ja ajan mukaan.

Datan, algoritmien ja työkalujen saatavuus

HMS LINCS tarjoaa oikea-aikaisen julkisen pääsyn kaikkiin asiaankuuluviin tietoihin ja ohjelmistoihin NIH:n LINCS-ohjelman datanluovutuskäytännön mukaisesti. Sekä yksinkertaista lataamista että ohjelmallista käyttöä tuetaan.

Datan tutkiminen ja käyttötapaukset: HMS LINCS -julkaisujen yhteenveto- ja tutkimussivut tarjoavat kuvauksia keskeisistä havainnoista, linkkejä HMS LINCS -tietokannan asiaankuuluviin tietokokonaisuuksiin ja mukautettuja tiedon visualisointityökaluja. Nämä ja muut työkalut ovat saatavilla ohjelmistosivumme kautta.

Tietojen saatavuus: Kaikkiin julkisesti julkaistuihin HMS LINCS -tietoaineistoihin ja reagenssien metatietoihin pääsee käsiksi HMS LINCS -tietokannan kautta, jossa hakutoiminnot mahdollistavat tiettyjen tietokokonaisuuksien ja reagenssien etsimisen (esim. solutyypin tai perturbageenin mukaan). Näitä haku- ja lataustoimintoja parannetaan aktiivisesti, ja kannustamme käyttäjiä lähettämään palautetta osoitteeseen lincs-feedback hms.harvard.edu.

.