Biomolekulaariset vuorovaikutukset ovat perustavanlaatuisia suurimmalle osalle soluprosesseista, ja tärkeimpien vuorovaikutuksessa olevien komponenttien tunnistaminen on tavallisesti ensimmäinen askel kohti ymmärrystä mekanismeista, jotka säätelevät solun eri toimintoja. Näin ollen tilastollisia kuva-analyysejä, jotka voidaan suorittaa kiinteiden tai elävien solujen fluoresenssimikroskopiakuville, on sovellettu rutiininomaisesti biofysikaalisiin ja solubiologisiin tutkimuksiin. Näillä lähestymistavoilla mitataan vuorovaikutuksessa olevien hiukkasten osuutta analysoimalla kaksivärisiä fluoresenssikuvia kolokalisoituneiden pikselien osalta. Kolokalisaatioalgoritmit ovat osoittautuneet tehokkaiksi, vaikka näiden mittausten dynaamista vaihteluväliä ja tarkkuutta ei ole koskaan pystytty vakiinnuttamaan. Myös spatiaalinen kuvan ristikorrelaatiospektroskopia (ICCS), jossa ristikorreloidaan kahdesta havaintokanavasta samanaikaisesti otetuissa kuvissa tallennetut spatiaaliset intensiteettivaihtelut, on äskettäin osoittautunut tehokkaaksi kolokalisaation mittariksi. Simulaatioiden, lasiin adsorboitujen fluoresoivien vasta-aineiden kuvantamisen ja solumittausten avulla osoitamme, että ICCS toimii paljon paremmin kuin tavanomaiset kolokalisaatioalgoritmit kohtalaisilla ja suurilla hiukkastiheyksillä, joita esiintyy usein solujärjestelmissä. Lisäksi havaittiin, että kahden kiinnostavan leimatun lajin tiheyssuhteella on suuri merkitys kolokalisaatioanalyysin tarkkuuteen. Soveltamalla suoraa ja systemaattista vertailua tavanomaisen, fluoresenssimikroskopian kolokalisaatioalgoritmin ja spatiaalisen ICCS:n välillä osoitamme alueet, joilla kumpikin lähestymistapa on käyttökelpoinen, ja mikä tärkeämpää, joilla ne eivät tuota tarkkoja tuloksia.

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.