Nimi ”Óbidos” on latinalaistettu (oppidum, citadel) johdos vanhemmasta kelttiläisestä ”Eburobricio” -nimestä. Kunta on saanut alkunsa roomalaisesta asutuksesta, joka sijaitsi lähellä kohoavan jyrkänteen juurella. Óbidosin alue, joka ulottuu Atlantilta Estremaduran maakunnan sisäosiin jokia ja järviä pitkin, on ollut asuttu jo myöhäisestä paleoliittisesta ajasta lähtien. Varhaiset kelttiheimot rakensivat asutuksen, joka oli myöhemmin foinikialaisten kauppakeskus. Óbidosin linnan keskiaikaisen tornin juurelta (Fachon eteläpuolella) löytyvät arkeologiset todisteet viittaavat roomalaiseen rakentamiseen, joka liittyi Eburobrittiumin roomalaisen civitasin etuvartioasemaan, joka oli suuri kaupunkialue, jota on kaivettu. Arkeologisissa tutkimuksissa todettiin foorumin, kylpylän ja muiden roomalaisten rakenteiden jäänteitä asutuksen lähellä.
Rooman kukistumisen jälkeen alue joutui visigoottien vaikutuspiiriin, vaikka tarkat tiedot puuttuvat. Roomalainen Eburobrittiumin kaupunki hylättiin 5. vuosisadalla turvallisemman kukkulan laelle, jossa nykyään sijaitsee pääasiallista asutusta. Joskus vuoden 713 jälkeen maurit perustivat linnoituksen tälle vuorelle, kun taas Moncharron naapurustossa asui mosarabien kristillinen yhteisö.
Portugalin ensimmäinen kuningas Afonso Henriques valtasi alueen maureilta vuonna 1148. Perinteen mukaan yksi ritari, Gonçalo Mendes da Maia, oli vastuussa maurien linnan onnistuneesta valtauksesta. Óbidosin takaisinvaltaaminen oli viimeinen vaihe Estremaduran maakunnan alueen valloituksessa Santarémin, Lissabonin ja Torres Vedrasin valloittamisen jälkeen. Alueen hallinnan jälkeen asutus sai ensimmäisen foralinsa (peruskirjan) vuonna 1195 kuningas Sancho I:n aikana. Vuonna 1210 kuningas Afonso II antoi tämän kylän arvonimen kuningatar Urracalle. Sittemmin Óbidos on usein ollut Portugalin kuningattarien suojeluksessa, minkä vuoksi sen epävirallinen nimi on Vila das Rainhas (suomeksi: kuningattarien kaupunki); useat kuninkaalliset puolisot rikastuttivat kylää lahjoituksilla keskiajalta aina 1500-luvulle asti.
Óbidosin linna ja muurit muokattiin uudelleen kuningas Dinis I:n valtakaudella. Kalkkikivi- ja marmorirakennetta lujitettiin ja kehitettiin, kun taas linnakkeen loi 1300-luvulla kuningas Fernando. Ensimmäisen uudistushankkeen aikaan asutus oli kasvanut myös linnan porttien ulkopuolelle.
Obidoksen Santa Marian kirkossa pidettiin 15. elokuuta 1441 kuningas Afonso V:n ja hänen serkkunsa, Coimbran prinsessa Isabellan häät 15. elokuuta 1441, jolloin molemmat olivat vielä 9- ja 10-vuotiaita lapsia. Kuningas Manuel I:n Óbidosissa vuonna 1513 toteuttamiin hallinnollisiin uudistuksiin kuului virallisen peruskirjan laatiminen ja kaupunkialueen perusteellinen uudistaminen.
Vuoden 1755 maanjäristys aiheutti vahinkoa kylän muureille, muutamille kirkoille ja monille rakennuksille ja johti arabialaisen tai keskiaikaisen arkkitehtuurin häviämiseen. Samoin Óbidosin ympäristössä käytiin niemimaan sotia, mukaan lukien Roliçan taistelu. Viime aikoina kylä oli vuoden 1974 neilikkavallankumoukseen osallistuneiden hallintokeskus ja kokoontumispaikka, mikä yhdisti sen asevoimien liikkeen kapinaan.