A principios de 1960, Ruby fue una de los seis niños negros de Nueva Orleans que superaron la prueba para determinar si podían asistir a la escuela primaria blanca William Frantz. Dos de los seis decidieron quedarse en su antigua escuela, Ruby fue a la escuela sola, y tres niños fueron trasladados a McDonogh nº 19 y se les conoció como los Tres de McDonogh. Ruby y su madre fueron escoltadas a la escuela por hasta cuatro alguaciles federales durante todo su primer año.
El padre de Ruby se mostró inicialmente reacio, mientras que su madre sintió la necesidad no sólo de dar a su hija una mejor educación, sino de «dar este paso adelante… para todos los niños afroamericanos.» La mujer finalmente convenció a su marido para que la dejara ir a la escuela.
La sentencia del juez J. Skelly Wright para el primer día de escuelas integradas en Nueva Orleans, el 14 de noviembre de 1960, fue conmemorada por Norman Rockwell en su cuadro The Problem We All Live With (publicado en Look el 14 de enero de 1964). Como describe la propia Ruby: «Al subir pude ver a la multitud, pero al vivir en Nueva Orleans, realmente pensé que era Mardi Gras. Había una gran multitud de personas fuera de la escuela. Estaban tirando cosas y gritando, y ese tipo de cosas ocurren en Nueva Orleans en el Mardi Gras». El ex mariscal adjunto Charles Burks recordaba: «Demostró mucho valor. Nunca lloró ni gimió. En cuanto Ruby fue admitida en la escuela, los padres blancos retiraron a sus hijos y todos los profesores se negaron a trabajar mientras hubiera un niño negro matriculado. Sólo una persona aceptó enseñar a Ruby: Barbara Henry, de Boston, Massachusetts. Durante más de un año, Barbara Henry impartió una clase compuesta únicamente por Ruby Bridges «como si estuviera enseñando a toda una clase».
El primer día, Ruby y sus acompañantes adultos pasaron todo el día en el despacho del director, y el caos de las protestas les impidió ir a clase hasta el segundo día. Sin embargo, el segundo día, un estudiante blanco rompió el boicot y entró en la escuela. Se trataba de un pastor metodista de 34 años, Lloyd Anderson Foreman, que paseó a su hija Pam, de 5 años, entre la multitud enfurecida, diciendo: «Sólo quiero tener el privilegio de llevar a mi hija a la escuela. Unos días después, otros padres blancos empezaron a traer a sus hijos, y las protestas empezaron a remitir. Todas las mañanas, cuando Ruby iba a la escuela, una mujer la amenazaba con envenenarla. Por este motivo, los US Marshalls enviados por el presidente Eisenhower, que supervisaba la seguridad de los Puentes, permitieron a Ruby comer sólo la comida que traía de casa.
El psiquiatra infantil Robert Coles se ofreció a asesorar a Ruby durante su primer año en Frantz. Se reunían semanalmente en casa de Ruby y más tarde escribieron un libro para niños, La historia de Ruby Bridges, para dar a conocer la historia de Ruby.
La familia de Ruby sufrió la decisión de enviarla a la escuela primaria William Frantz: su padre perdió su trabajo, la tienda de comestibles donde la familia siempre había comprado ya no les permitía comprar, y sus abuelos, que eran aparceros en Mississippi, fueron desposeídos de sus tierras. Ruby se dio cuenta de que muchas otras personas de la comunidad, tanto blancas como negras, le mostraron su apoyo de diversas maneras: algunas familias blancas siguieron enviando a sus hijos a Frantz a pesar de las protestas, un vecino le proporcionó a su padre un nuevo trabajo y las niñeras locales la consideraban a ella y a los miembros de su familia como protectores, hasta el punto de caminar detrás del coche de los alguaciles federales en los viajes escolares.