No se sabe qué pasó.

Sí sabemos qué no pasó. Una teoría popular de los fans es que hubo una especie de Cataclismo en el que Zero se soltó y mató a todo el mundo. Esto ha sido explícitamente rechazado por el propio Keiji Inafune.

Se da a entender que Wily sobrevivió al Virus Maverick y que es definitivamente quien lo creó y a Zero. Hay cero dudas sobre eso, al menos.

Si tuviera que adivinar:Roll probablemente acabó desgastándose más tarde.

Blues/Protoman probablemente murió por su desequilibrio energético.

Es probable que Megaman y Forte/Bass acabaran matándose mutuamente.

La salud de Light estaba evidentemente deteriorada en los flashbacks del Día de Sigma, así que es probable que simplemente muriera por causas naturales.

Se ha sugerido fuertemente, pero nunca se ha confirmado, que Wily cargó su mente en un ordenador.

Un destino alternativo para Megaman podría ser este: Uno de los Robot Masters del Dr. Wily es Quint, una versión reprogramada de Megaman que Wily robó 34 años en el futuro. En ese momento, la lucha de Megaman había terminado y le habían quitado sus partes de combate, así que Wily le dio unas nuevas en un intento de matar a su yo del pasado. Obviamente, Megaman lo derrotó, pero, y esto va de memoria, no tengo nada en absoluto para respaldar esto, estoy bastante seguro de que Quint no fue realmente destruido.

No estoy seguro de lo que pasó allí.