Mucha de la preocupación pública sobre la caza de canguros proviene de la matanza de hembras y la consiguiente muerte de sus crías. El Código Nacional Australiano de Prácticas para la Caza Humanitaria de Canguros y Wallabies con Fines Comerciales (2020) y el Código Nacional Australiano de Prácticas para la Caza Humanitaria de Canguros y Wallabies con Fines No Comerciales (2008) exigen que si un tirador mata a una hembra con crías en la bolsa, debe matar al cachorro. Dependiendo del tamaño de la cría, esto se hace normalmente por decapitación o por un golpe en la cabeza. Las crías más grandes pueden ser matadas a tiros. Si el tirador no los mata, es muy probable que las crías dependientes mueran de hambre, exposición o depredación.

El Código de Prácticas desaconseja a los tiradores disparar a las hembras que lleven crías grandes en la bolsa. Cuando se dispara a las hembras con crías a pie, éstas tienden a dispersarse y es poco probable que estas crías sobrevivan a menos que sean totalmente independientes de sus madres. Cuando se dispara a las hembras con crías en la bolsa y hay que matar a sus crías, los métodos disponibles para los tiradores son limitados y no se conoce del todo su grado de humanidad. Mientras que los tiradores comerciales de canguros están obligados a recibir formación para disparar a canguros adultos y deben pasar una prueba de competencia de tiro, no reciben ninguna formación sobre cómo matar humanamente a las crías. Un estudio ha demostrado que los métodos actuales utilizados para matar a las crías huérfanas son relativamente humanos cuando son llevados a cabo por tiradores comerciales cualificados y experimentados. Sin embargo, se recomienda que todos los tiradores reciban formación, se evalúe su competencia y se les supervise para garantizar que todas las crías huérfanas se maten de forma humanitaria. La mayoría de los tiradores son incapaces de identificar o capturar crías huérfanas a pie que probablemente mueran de hambre, depredación o exposición.

Puede que la única solución para evitar completamente la crueldad potencial con las crías de bolsa sea no disparar a las hembras en absoluto. Hace varios años, los principales procesadores de canguros adoptaron esta política. Sin embargo, algunos propietarios de tierras creen que disparar sólo a los machos no elimina suficientes canguros, por lo que también pueden emplear a un tirador no comercial para matar a las hembras. En respuesta a esto, los procesadores comerciales han vuelto a disparar a las hembras. Aunque es probable que esto dé lugar a más crías huérfanas en comparación con la caza de machos, los riesgos generales de bienestar asociados a los tiradores comerciales deberían reducirse en comparación con los tiradores no comerciales que cazan hembras. A los tiradores no comerciales no se les exige formación ni evaluación de la precisión de los disparos, ni tampoco se supervisa el bienestar de los animales, lo que significa que hay menos confianza en que los canguros se maten de forma humanitaria. Esto se suma a los riesgos de bienestar relacionados con las crías huérfanas. La introducción de la formación obligatoria, la evaluación de la competencia y la supervisión del bienestar animal de los tiradores en relación con el tratamiento de las crías huérfanas es una prioridad.