Acerca del Centro LINCS de HMS
El Centro LINCS de la Facultad de Medicina de Harvard (HMS) está financiado por la subvención U54 HL127365 de los NIH y forma parte del Programa de la Biblioteca de Firmas Celulares Integradas en Red (LINCS) de los NIH. Los objetivos generales de este programa son recopilar y difundir los datos y las herramientas analíticas necesarias para comprender cómo responden las células humanas a las perturbaciones provocadas por los fármacos, el medio ambiente y las mutaciones. Para más información sobre el LINCS y otros centros participantes, consulte la página web del programa.
El Centro LINCS del HMS tiene como objetivo descubrir los principios fundamentales de la respuesta celular a la perturbación, incluyendo la relación entre la dosis y la respuesta, el origen y la importancia de la variación entre células, y la base molecular de la sensibilidad y la resistencia a los fármacos. Los datos generados en el HMS incluyen ensayos bioquímicos, proteómicos y de imagen múltiple para los que los estándares de difusión están poco desarrollados; mejorarlos y liberar todos los datos, algoritmos y conclusiones de nuestros cuadernos y documentos es un objetivo clave del Centro. El Centro también desarrolla nuevos algoritmos para el análisis a gran escala de conjuntos de datos complejos de respuesta a perturbaciones, que están disponibles a través de páginas de resumen de proyectos personalizados. Normalmente publicamos al menos un análisis biológico de cada conjunto de datos, pero estos artículos describen sólo uno de los muchos usos de los datos. Animamos a los usuarios a explorar los datos primarios basándose en sus propias ideas y algoritmos.
Ensayos
Nos centramos en ensayos bioquímicos y celulares sobre (i) inhibidores de quinasas de moléculas pequeñas, una clase líder de agentes terapéuticos para el tratamiento del cáncer, las enfermedades autoinmunes y otras enfermedades; (ii) modificadores del epigenoma como los inhibidores de bromodominio y HDAC; y (iii) ligandos naturales como factores de crecimiento y citoquinas inflamatorias. En general, estamos perfilando las respuestas de ~100 líneas celulares y tipos de células primarias a ~400 perturbadores a través de la dosis y el tiempo.
Acceso a los datos, algoritmos y herramientas
HMS LINCS proporciona acceso público oportuno a todos los datos y software relevantes de acuerdo con la política de liberación de datos del programa NIH LINCS. Se admite tanto la descarga simple como el acceso programático.
Exploración de datos y casos de uso: Las páginas de resumen y exploración de las publicaciones de HMS LINCS proporcionan descripciones de los hallazgos clave, enlaces a conjuntos de datos relevantes en la base de datos de HMS LINCS y herramientas de visualización de datos personalizadas. Estas y otras herramientas están disponibles en nuestra página de software.
Acceso a los datos: Todos los conjuntos de datos y metadatos de reactivos de HMS LINCS publicados son accesibles a través de la base de datos HMS LINCS, donde las funciones de búsqueda permiten consultar conjuntos de datos y reactivos específicos (por ejemplo, por tipo de célula o perturbación). Estas funciones de búsqueda y descarga se están mejorando activamente, y animamos a los usuarios a enviar sus comentarios a lincs-feedback hms.harvard.edu.