Las enfermedades cubiertas por el NPIP son la influenza aviar (peste aviar) y las producidas por S. pullorum (enfermedad del pullorum), S. gallinarum (tifus aviar), S. enterica var. enteritidis, Mycoplasma gallisepticum (MG, enfermedad respiratoria crónica y sinusitis infecciosa en pavos), M. synoviae (MS, sinovitis infecciosa) y M. meleagridis (MM, airsacculitis de un día). Además, el NPIP cuenta con programas como «U.S. Salmonella Monitored» y «U.S. Sanitation Monitored» que pretenden reducir la incidencia de organismos de salmonela en los huevos para incubar, los pollitos y las crías mediante procedimientos de saneamiento eficaces y prácticos en la granja de cría y en la planta de incubación.
Las aves de corral se definen en el NPIP como aves domésticas, incluyendo pollos, pavos, avestruces, emús, ñandúes, casuarios, aves acuáticas y aves de caza (excepto palomas y pichones) que se crían principalmente para producir huevos y carne. Hay tres tipos de participantes en el NPIP: las manadas independientes, los criaderos y los comerciantes. Los productos avícolas certificados por el NPIP son los huevos para incubar, los pollitos, las pollitas y las pollitas iniciadas. La gran mayoría de los Estados de EE.UU. prohíben la entrada de cualquier cargamento de aves de corral, excepto los designados como limpios de pullorum y tifus. Esencialmente, estas prohibiciones significan que las aves de corral que se mueven por el estado deben participar en el programa «U.S. Pullorum-Typhoid Clean» del NPIP o dar negativo en las pruebas de pullorum-tifoidea antes de salir de su Estado de origen. Quince Estados exigen que todos los envíos de pavos que reciben sean MG limpios. Esencialmente, ese requisito significa que los pavos que se trasladan de un estado a otro deben participar en el programa «U.S. MG Clean» del NPIP o ser analizados libres de MG antes del envío.
La mayoría de los socios comerciales de Estados Unidos que importan aves de corral y productos de Estados Unidos también exigen la participación del NPIP. Se puede solicitar a los veterinarios acreditados que inspeccionen las manadas de reproductoras que participan en el NPIP para comprobar el cumplimiento de las normas y emitir certificados sanitarios. Cada primavera, el APHIS publica un directorio de participantes que manipulan pollos y pavos de tipo huevo y de tipo carne y un directorio de participantes que manipulan aves acuáticas, aves de exposición, aves de caza y ratites. Estos directorios enumeran los criaderos, las manadas independientes y los comerciantes que participan en el NPIP, los productos que manejan y las clasificaciones de enfermedades en las que participan.