Durante la última mitad del siglo XVI, varios daimyōs se hicieron lo suficientemente fuertes como para manipular el shogunato Ashikaga en su propio beneficio o derrocarlo por completo. Uno de los intentos de derrocar el bakufu (el término japonés para referirse al shogunato) fue realizado en 1560 por Imagawa Yoshimoto, cuya marcha hacia la capital tuvo un final ignominioso a manos de Oda Nobunaga en la batalla de Okehazama. En 1562, el clan Tokugawa, que estaba adyacente al este del territorio de Nobunaga, se independizó del clan Imagawa y se alió con Nobunaga. La parte oriental del territorio de Nobunaga no fue invadida por esta alianza. Nobunaga trasladó entonces su ejército hacia el oeste. En 1565, una alianza de los clanes Matsunaga y Miyoshi intentó dar un golpe de estado asesinando a Ashikaga Yoshiteru, el decimotercer shōgun de Ashikaga. Sin embargo, las disputas internas les impidieron actuar con rapidez para legitimar su pretensión de poder, y no fue hasta 1568 cuando consiguieron instalar al primo de Yoshiteru, Ashikaga Yoshihide, como siguiente shōgun. Sin embargo, el fracaso a la hora de entrar en Kioto y obtener el reconocimiento de la corte imperial había dejado la sucesión en entredicho, y un grupo de retenedores del bakufu liderado por Hosokawa Fujitaka negoció con Nobunaga para conseguir el apoyo del hermano menor de Yoshiteru, Yoshiaki.

Nobunaga, que se había preparado durante años para esta oportunidad estableciendo una alianza con el clan Azai en el norte de la provincia de Ōmi y conquistando después la vecina provincia de Mino, marchó ahora hacia Kioto. Tras derrotar al clan Rokkaku en el sur de Ōmi, Nobunaga obligó a los Matsunaga a capitular y a los Miyoshi a retirarse a Settsu. A continuación, entró en la capital, donde consiguió que el emperador reconociera a Yoshiaki, que se convirtió en el decimoquinto y último shōgun Ashikaga.

Nobunaga no tenía ninguna intención, sin embargo, de servir al bakufu Muromachi, y en su lugar se dedicó ahora a reforzar su control sobre la región de Kinai. La resistencia en forma de daimyōs rivales, monjes budistas intransigentes y comerciantes hostiles fue eliminada rápidamente y sin piedad, y Nobunaga se ganó rápidamente la reputación de adversario implacable y despiadado. En apoyo de sus movimientos políticos y militares, instituyó la reforma económica, eliminando las barreras al comercio mediante la invalidación de los monopolios tradicionales mantenidos por los santuarios y los gremios y promoviendo la iniciativa mediante la institución de mercados libres conocidos como rakuichi-rakuza.

El recién instalado shōgun Ashikaga Yoshiaki también era extremadamente receloso de su poderoso criado nominal Nobunaga, e inmediatamente comenzó a conspirar contra él mediante la formación de una amplia alianza de casi todos los daimyō adyacentes al reino de Oda. Esto incluía al estrecho aliado y cuñado de Oda, Azai Nagamasa, al supremamente poderoso Takeda Shingen, así como a los monjes guerreros del centro monástico de los budistas Tendai en el monte Hiei, cerca de Kioto (que se convirtió en la primera gran víctima de esta guerra al ser completamente destruido por Nobunaga).

Mientras el ejército de Oda estaba empantanado por los combates en cada esquina, Takeda Shingen lideró lo que por entonces se consideraba el ejército más poderoso de Japón y marchó hacia la base de los Oda en Owari, aplastando fácilmente al joven aliado de Nobunaga y futuro shōgun Tokugawa Ieyasu en la batalla de Mikatagahara en el camino.

Sin embargo, cuando el ejército de Takeda estaba a punto de destruir la alianza Oda-Tokugawa, Takeda Shingen pereció repentinamente, en circunstancias misteriosas. (Entre las múltiples sugerencias sobre su fallecimiento se encuentran la muerte en el campo de batalla por un tirador, el asesinato de un ninja y un cáncer de estómago). Habiendo perdido repentinamente a su líder, el ejército de Takeda se retiró rápidamente a su base en la provincia de Kai y Nobunaga se salvó del borde de la destrucción.

Con la muerte de Takeda Shingen a principios de 1573, la «Alianza Anti-Oda» que creó Ashikaga Yoshiaki se desmoronó rápidamente, ya que Nobunaga destruyó en rápida sucesión la alianza del clan Asakura y el clan Azai que amenazaba su flanco norte, y poco después expulsó al propio shōgun de Kioto.

Incluso tras la muerte de Shingen, quedaban varios daimyōs lo suficientemente poderosos como para resistirse a Nobunaga, pero ninguno estaba situado lo suficientemente cerca de Kioto como para suponer una amenaza política, y parecía que la unificación bajo el estandarte de los Oda era cuestión de tiempo.

Los enemigos de Nobunaga no sólo eran otros daimyōs, sino también los adeptos a una secta del budismo Jōdo Shinshū que asistía al Ikkō-ikki, liderado por Kennyo. Aguantó aunque Nobunaga siguió atacando su fortaleza durante diez años. Nobunaga expulsó a Kennyo en el undécimo año, pero, por un motín causado por Kennyo, el territorio de Nobunaga se llevó la mayor parte de los daños. Esta larga guerra se denominó Guerra de Ishiyama Hongan-ji.

Nobunaga estaba muy interesado en las culturas extranjeras, especialmente las de Europa occidental. Los misioneros europeos introdujeron en Japón una gran cantidad de cultura cristiana occidental. De esta exposición, Japón recibió nuevos alimentos, un nuevo método de dibujo, astronomía, geografía, ciencia médica y nuevas técnicas de impresión. Y lo que es más importante, el comercio con Europa proporcionó a los ejércitos de Nobunaga nuevas armas, entre ellas el rifle de cerillas o arcabuz.

Nobunaga decidió reducir el poder de los monasterios budistas y dio protección al cristianismo, aunque él mismo nunca se convirtió al cristianismo. Mató a muchos sacerdotes budistas que se le resistieron, y quemó sus templos fortificados.

Las actividades de los comerciantes europeos y de los misioneros católicos (Alessandro Valignano, Luís Fróis, Gnecchi-Soldo Organtino y muchos misioneros) en Japón, no menos que las empresas japonesas en el extranjero, dieron al período un sabor cosmopolita.

Durante el período comprendido entre 1576 y 1579, Nobunaga construyó, a orillas del lago Biwa, en Azuchi, el castillo de Azuchi, un magnífico castillo de siete plantas que debía servir no sólo como una fortificación militar inexpugnable, sino también como una suntuosa residencia que se erigiría en símbolo de la unificación.

Una vez asegurado su control sobre la región de Kinai, Nobunaga era ahora lo suficientemente poderoso como para asignar a sus generales la tarea de subyugar las provincias periféricas. A Shibata Katsuie se le encomendó la tarea de conquistar el clan Uesugi en Etchū, Takigawa Kazumasu se enfrentó a la provincia de Shinano que gobierna un hijo de Shingen Takeda Katsuyori, y a Hashiba Hideyoshi se le encomendó la formidable tarea de enfrentarse al clan Mōri en la región de Chūgoku, al oeste de Honshū.

En 1575, Nobunaga obtuvo una importante victoria sobre el clan Takeda en la batalla de Nagashino. A pesar de la gran reputación de la caballería samurái de los Takeda, Oda Nobunaga adoptó la tecnología relativamente nueva del arcabuz y le infligió una aplastante derrota. El legado de esta batalla obligó a una revisión completa de la guerra tradicional japonesa.

En 1582, tras una prolongada campaña, Hideyoshi solicitó la ayuda de Nobunaga para vencer una tenaz resistencia. Nobunaga, haciendo escala en Kioto en su camino hacia el oeste con sólo un pequeño contingente de guardias, fue atacado por uno de sus propios generales descontentos, Akechi Mitsuhide, y se suicidó.